Gianni Infantino ist bei der FIFA als Präsident ab sofort der bestbezahlte Amtsträger. Die FIFA-Vergütungskommission legte das Jahresgehalt des 46 Jahre alten Juristen rückwirkend zum Tag seiner Wahl am 27. Februar auf 1,5 Millionen Schweizer Franken (umgerechnet 1,368 Millionen Euro) fest. Die neue senegalesische Generalsekretärin Fatma Samoura erhält jährlich ein Salär von 1,3 Millionen Schweizer Franken (1,186 Millionen Euro). 

Für das laufende Geschäftjahr 2016 erhalten beide Topfunktionäre allerdings keinerlei Bonuszahlungen. Für künftige Boni sollen zunächst noch neue Richtlinien erarbeitet werden. Vor gut drei Monaten waren jahrelange Bonuszahlungen an eine Clique um den gesperrten Infantino-Vorgänger Joseph S. Blatter bekannt geworden. 

Infantino und Samoura stehen zudem jeweils ein Dienstwagen eines FIFA-Sponsors sowie monatlich rund 1.800 Euro Spesen zur Verfügung. Der FIFA-Präsident darf zudem kostenfrei eine Dienstwohnung nutzen.

Insbesondere Infantinos Gehalt sorgte nach öffentlich gewordenen Forderungen des ehemaligen Generalsekretärs der Europäischen Fußball-Union im internen Kreis monatelang für Diskussionen. Vor dem Hintergrund der auf dem Wahlkongress im vergangenen Februar in Zürich beschlossenen Reform stand außerdem im Raum, dass der Präsidenten-Posten aufgrund der weitgehend nur noch strategisch-repräsentativen Aufgaben niedriger entlohnt werden könnte als das Amt des Generalsekretärs, in dem Samoura als Leiterin des operativen Geschäfts fungiert.