1. Spieltag 30.07.2016 Jahn Regensburg - Hansa Rostock 2:0 Tor
2. Spieltag 07.08.2016 SG Sonnenhof Großaspach - Jahn Regensburg 3:4
3. Spieltag 10.08.2016 Jahn Regensburg - Hallescher FC 2:0
4. Spieltag 13.08.2016 FSV Frankfurt - Jahn Regensburg 1:1 Tor gelb-rote Karte
6. Spieltag 10.09.2016 Sportfreunde Lotte - Jahn Regensburg 3:2
7. Spieltag 17.09.2016 Jahn Regensburg - Fortuna Köln 2:2
8. Spieltag 20.09.2016 FSV Zwickau - Jahn Regensburg 4:0
9. Spieltag 24.09.2016 Jahn Regensburg - SC Paderborn 07 3:0
10. Spieltag 01.10.2016 VfL Osnabrück - Jahn Regensburg 1:2
11. Spieltag 15.10.2016 Jahn Regensburg - MSV Duisburg 1:2
12. Spieltag 23.10.2016 1. FSV Mainz 05 II - Jahn Regensburg 2:0 gelbe Karte
13. Spieltag 29.10.2016 Jahn Regensburg - 1. FC Magdeburg 1:1 gelbe Karte
14. Spieltag 05.11.2016 Werder Bremen II - Jahn Regensburg 3:1 Tor gelbe Karte
15. Spieltag 19.11.2016 Jahn Regensburg - SV Wehen Wiesbaden 3:1
16. Spieltag 26.11.2016 Holstein Kiel - Jahn Regensburg 2:1 gelbe Karte
17. Spieltag 02.12.2016 Jahn Regensburg - Rot-Weiß Erfurt 0:1 gelbe Karte
19. Spieltag 17.12.2016 Jahn Regensburg - Preußen Münster 3:1
20. Spieltag 28.01.2017 Hansa Rostock - Jahn Regensburg 0:0 gelbe Karte
21. Spieltag 04.02.2017 Jahn Regensburg - SG Sonnenhof Großaspach 1:1 gelbe Karte
22. Spieltag 11.02.2017 Hallescher FC - Jahn Regensburg 1:1
23. Spieltag 18.02.2017 Jahn Regensburg - FSV Frankfurt 2:1 Tor gelbe Karte
24. Spieltag 25.02.2017 VfR Aalen - Jahn Regensburg 1:2 gelbe Karte
25. Spieltag 04.03.2017 Jahn Regensburg - Sportfreunde Lotte 2:0 Tor
26. Spieltag 11.03.2017 Fortuna Köln - Jahn Regensburg 2:2
27. Spieltag 15.03.2017 Jahn Regensburg - FSV Zwickau 1:2 gelbe Karte
29. Spieltag 25.03.2017 Jahn Regensburg - VfL Osnabrück 1:2 gelbe Karte
30. Spieltag 01.04.2017 MSV Duisburg - Jahn Regensburg 1:1 Tor
31. Spieltag 04.04.2017 Jahn Regensburg - 1. FSV Mainz 05 II 2:1
32. Spieltag 09.04.2017 1. FC Magdeburg - Jahn Regensburg 1:2 rote Karte
36. Spieltag 05.05.2017 Rot-Weiß Erfurt - Jahn Regensburg 1:4
37. Spieltag 13.05.2017 Jahn Regensburg - Chemnitzer FC 3:2 gelbe Karte
38. Spieltag 20.05.2017 Preußen Münster - Jahn Regensburg 0:1 Tor