2. Spieltag 13.08.2016 Colchester United - Cambridge United 2:0 Tor
3. Spieltag 16.08.2016 Colchester United - Grimsby Town 3:2 TorTor
4. Spieltag 20.08.2016 Portsmouth FC - Colchester United 2:0
5. Spieltag 27.08.2016 Wycombe Wanderers - Colchester United 0:2
6. Spieltag 03.09.2016 Colchester United - Exeter City 2:3
7. Spieltag 10.09.2016 Colchester United - Blackpool FC 3:2
8. Spieltag 17.09.2016 Barnet FC - Colchester United 1:1
9. Spieltag 24.09.2016 Colchester United - Accrington Stanley 1:2
16. Spieltag 12.11.2016 Colchester United - Leyton Orient 0:3
17. Spieltag 19.11.2016 Yeovil Town - Colchester United 2:1
18. Spieltag 22.11.2016 Cheltenham Town - Colchester United 0:3 Tor
19. Spieltag 26.11.2016 Colchester United - Crewe Alexandra 4:0 Tor
20. Spieltag 10.12.2016 Mansfield Town - Colchester United 0:0
21. Spieltag 17.12.2016 Colchester United - Notts County 2:1
22. Spieltag 26.12.2016 Luton Town - Colchester United 0:1
23. Spieltag 31.12.2016 Stevenage FC - Colchester United 2:4 Tor
24. Spieltag 02.01.2017 Colchester United - Cheltenham Town 2:0 Tor
25. Spieltag 07.01.2017 Colchester United - Carlisle United 4:1 gelbe Karte
26. Spieltag 14.01.2017 Newport County - Colchester United 1:1
27. Spieltag 21.01.2017 Exeter City - Colchester United 3:0
30. Spieltag 11.02.2017 Colchester United - Barnet FC 2:1 Tor
31. Spieltag 14.02.2017 Colchester United - Crawley Town 2:3 Tor
32. Spieltag 18.02.2017 Accrington Stanley - Colchester United 2:1
28. Spieltag 21.02.2017 Colchester United - Wycombe Wanderers 1:0
33. Spieltag 25.02.2017 Colchester United - Hartlepool United 2:1 gelbe Karte
34. Spieltag 28.02.2017 Grimsby Town - Colchester United 1:0
35. Spieltag 04.03.2017 Cambridge United - Colchester United 1:1
36. Spieltag 11.03.2017 Colchester United - Portsmouth FC 0:4
37. Spieltag 14.03.2017 Colchester United - Mansfield Town 2:0 Tor gelbe Karte
38. Spieltag 18.03.2017 Crewe Alexandra - Colchester United 2:0
39. Spieltag 25.03.2017 Colchester United - Luton Town 2:1
40. Spieltag 01.04.2017 Notts County - Colchester United 3:1
41. Spieltag 08.04.2017 Colchester United - Stevenage FC 4:0 Tor
42. Spieltag 14.04.2017 Colchester United - Doncaster Rovers 1:1 Tor
43. Spieltag 17.04.2017 Morecambe FC - Colchester United 1:1
44. Spieltag 22.04.2017 Colchester United - Plymouth Argyle 0:0