1. Spieltag 31.07.2016 1. FC Magdeburg - Fortuna Köln 0:3 gelbe Karte
3. Spieltag 09.08.2016 1. FC Magdeburg - SC Paderborn 07 3:0 TorTorTor
4. Spieltag 13.08.2016 VfL Osnabrück - 1. FC Magdeburg 3:2
5. Spieltag 26.08.2016 1. FC Magdeburg - MSV Duisburg 1:2 Tor
2. Spieltag 01.09.2016 FSV Zwickau - 1. FC Magdeburg 0:0
6. Spieltag 10.09.2016 1. FSV Mainz 05 II - 1. FC Magdeburg 1:0 gelbe Karte
7. Spieltag 17.09.2016 Preußen Münster - 1. FC Magdeburg 2:3 Tor
8. Spieltag 21.09.2016 1. FC Magdeburg - Werder Bremen II 2:0 gelbe Karte
9. Spieltag 25.09.2016 SV Wehen Wiesbaden - 1. FC Magdeburg 0:3 Tor
10. Spieltag 01.10.2016 1. FC Magdeburg - Holstein Kiel 1:0 Tor
11. Spieltag 15.10.2016 Rot-Weiß Erfurt - 1. FC Magdeburg 1:0
12. Spieltag 22.10.2016 1. FC Magdeburg - Chemnitzer FC 2:4 Tor
13. Spieltag 29.10.2016 Jahn Regensburg - 1. FC Magdeburg 1:1
14. Spieltag 05.11.2016 1. FC Magdeburg - Hansa Rostock 1:1 Tor
15. Spieltag 19.11.2016 SG Sonnenhof Großaspach - 1. FC Magdeburg 1:3 rote Karte
18. Spieltag 10.12.2016 1. FC Magdeburg - VfR Aalen 3:0
19. Spieltag 17.12.2016 Sportfreunde Lotte - 1. FC Magdeburg 1:3 Tor
20. Spieltag 28.01.2017 Fortuna Köln - 1. FC Magdeburg 2:1
21. Spieltag 05.02.2017 1. FC Magdeburg - FSV Zwickau 1:1
22. Spieltag 11.02.2017 SC Paderborn 07 - 1. FC Magdeburg 1:1
23. Spieltag 18.02.2017 1. FC Magdeburg - VfL Osnabrück 3:0 Tor
24. Spieltag 24.02.2017 MSV Duisburg - 1. FC Magdeburg 0:0
25. Spieltag 04.03.2017 1. FC Magdeburg - 1. FSV Mainz 05 II 1:2
26. Spieltag 10.03.2017 1. FC Magdeburg - Preußen Münster 1:0
27. Spieltag 14.03.2017 Werder Bremen II - 1. FC Magdeburg 0:1
28. Spieltag 19.03.2017 1. FC Magdeburg - SV Wehen Wiesbaden 0:0
29. Spieltag 25.03.2017 Holstein Kiel - 1. FC Magdeburg 1:1
30. Spieltag 01.04.2017 1. FC Magdeburg - Rot-Weiß Erfurt 2:0 Tor
31. Spieltag 04.04.2017 Chemnitzer FC - 1. FC Magdeburg 1:1
32. Spieltag 09.04.2017 1. FC Magdeburg - Jahn Regensburg 1:2
33. Spieltag 15.04.2017 Hansa Rostock - 1. FC Magdeburg 1:1 Tor gelbe Karte
34. Spieltag 22.04.2017 1. FC Magdeburg - SG Sonnenhof Großaspach 2:1 TorTor
35. Spieltag 29.04.2017 Hallescher FC - 1. FC Magdeburg 1:1
36. Spieltag 06.05.2017 1. FC Magdeburg - FSV Frankfurt 1:1 Tor
37. Spieltag 13.05.2017 VfR Aalen - 1. FC Magdeburg 2:2 Tor
38. Spieltag 20.05.2017 1. FC Magdeburg - Sportfreunde Lotte 2:0