Der gebürtige Lünener Markus Brzenska ist ein echtes Eigengewächs der Dortmunder Borussia. Er durchlief praktisch alle Jugendmannschaften des Vereins und spielte schon in diversen DFB-Jugendmannschaften.

Sein Bundesligadebüt in der Saison 2003/04 gegen Bayern München verlief sehr unglücklich: Brzenkas übereifriger Einsatz wurde noch in der ersten Halbzeit durch einen berechtigten Platzverweis beendet.

Seinen Durchbruch feierte der gelernte Mittelfeldmann schließlich unter Trainer Bert van Marwijk, der ihn mangels Alternativen allerdings auf der Position des Innenverteidigers zum Stammspieler machte. Auch in der ungewohnten Rolle bestach er durch konstant gute Leistungen. Auch wegen seiner Flexibilität gehört er bei Borussia Dortmund zum festen Stamm der ‚jungen Wilden’ und erhält regelmäßige Einsatzzeiten.

In der Saison 2005/06 hat Markus Brzenska aufgrund konstant guter Leistungen zeitweise sogar seinen Mannschaftskollegen Christoph Metzelder von der Position in der Innenverteidigung verdrängt.