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| 19.10.2012 | 18:00 | 1. FC Kaiserslautern | - | SV Sandhausen | 3:1 (2:1) | |
| 18:00 | MSV Duisburg | - | FC Ingolstadt 04 | 0:2 (0:0) | ||
| 18:00 | VfL Bochum | - | Hertha BSC | 0:2 (0:0) | ||
| 20.10.2012 | 13:00 | Dynamo Dresden | - | Eintracht Braunschweig | 0:2 (0:1) | |
| 13:00 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Köln | 2:3 (1:0) | ||
| 21.10.2012 | 13:30 | SC Paderborn 07 | - | FC St. Pauli | 1:1 (0:0) | |
| 13:30 | 1. FC Union Berlin | - | FSV Frankfurt | 1:0 (1:0) | ||
| 13:30 | VfR Aalen | - | Energie Cottbus | 1:1 (0:0) | ||
| 22.10.2012 | 20:15 | TSV 1860 München | - | Erzgebirge Aue | 1:1 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Eintracht Braunschweig | 10 | 8 | 2 | 0 | 18:3 | 15 | 26 |
| 2 |
|
Hertha BSC | 10 | 6 | 3 | 1 | 18:10 | 8 | 21 |
| 3 |
|
1. FC Kaiserslautern | 10 | 5 | 5 | 0 | 18:11 | 7 | 20 |
| 4 |
|
Energie Cottbus | 10 | 5 | 3 | 2 | 15:10 | 5 | 18 |
| 5 |
|
TSV 1860 München | 10 | 4 | 5 | 1 | 14:7 | 7 | 17 |
| 6 |
|
VfR Aalen | 10 | 5 | 1 | 4 | 13:10 | 3 | 16 |
| 7 |
|
FC Ingolstadt 04 | 10 | 4 | 4 | 2 | 13:11 | 2 | 16 |
| 8 |
|
FSV Frankfurt | 10 | 4 | 3 | 3 | 13:12 | 1 | 15 |
| 9 |
|
SC Paderborn 07 | 10 | 3 | 3 | 4 | 16:13 | 3 | 12 |
| 10 |
|
1. FC Union Berlin | 10 | 3 | 3 | 4 | 14:15 | -1 | 12 |
| 11 |
|
1. FC Köln | 10 | 3 | 3 | 4 | 10:12 | -2 | 12 |
| 12 |
|
Jahn Regensburg | 10 | 3 | 0 | 7 | 11:13 | -2 | 9 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 10 | 2 | 3 | 5 | 12:15 | -3 | 9 |
| 14 |
|
Erzgebirge Aue | 10 | 2 | 3 | 5 | 8:13 | -5 | 9 |
| 15 |
|
SV Sandhausen | 10 | 2 | 3 | 5 | 9:17 | -8 | 9 |
| 16 |
|
VfL Bochum | 10 | 2 | 3 | 5 | 5:14 | -9 | 9 |
| 17 |
|
FC St. Pauli | 10 | 1 | 5 | 4 | 7:13 | -6 | 8 |
| 18 |
|
MSV Duisburg | 10 | 1 | 2 | 7 | 6:21 | -15 | 5 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
