# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 19 13 5 1 35:15 20 44
2 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 19 12 6 1 36:15 21 42
3 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 19 8 8 3 29:21 8 32
4 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 19 8 5 6 26:23 3 29
5 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 19 8 4 7 20:16 4 28
6 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 19 6 9 4 21:17 4 27
7 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 19 7 6 6 30:27 3 27
8 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 19 8 3 8 27:24 3 27
9 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 19 6 8 5 22:21 1 26
  FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 19 6 8 5 22:21 1 26
11 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 19 6 5 8 27:28 -1 23
12 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 19 6 5 8 23:24 -1 23
13 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 19 5 7 7 18:22 -4 22
14 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 19 6 3 10 20:32 -12 21
15 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 19 5 5 9 24:33 -9 20
16 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 19 3 7 9 19:29 -10 16
17 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 19 3 6 10 20:39 -19 15
18 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 19 3 4 12 22:34 -12 13
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.