# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 2 2 0 0 2:0 2 6
2 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 2 1 1 0 6:2 4 4
3 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 2 1 1 0 5:2 3 4
4 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 2 1 1 0 4:2 2 4
5 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 2 1 1 0 5:4 1 4
6 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 2 1 1 0 3:2 1 4
7 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 2 1 0 1 5:3 2 3
8 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 2 1 0 1 2:1 1 3
9 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 2 1 0 1 2:5 -3 3
10 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 2 0 2 0 3:3 0 2
11 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 2 0 2 0 2:2 0 2
12 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 2 0 2 0 1:1 0 2
13 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 2 0 1 1 3:4 -1 1
  Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 2 0 1 1 3:4 -1 1
15 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 2 0 1 1 1:2 -1 1
16 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 2 0 1 1 3:5 -2 1
17 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 2 0 1 1 0:3 -3 1
18 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 2 0 0 2 1:6 -5 0
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.