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| 01.02.2013 | 18:00 | Dynamo Dresden | - | MSV Duisburg | 0:0 (0:0) | |
| 18:00 | VfR Aalen | - | VfL Bochum | 2:2 (0:1) | ||
| 18:00 | 1. FC Union Berlin | - | SV Sandhausen | 3:1 (2:0) | ||
| 02.02.2013 | 13:00 | SC Paderborn 07 | - | Eintracht Braunschweig | 1:2 (0:1) | |
| 13:00 | 1. FC Köln | - | Erzgebirge Aue | 2:1 (1:0) | ||
| 03.02.2013 | 13:30 | Jahn Regensburg | - | Hertha BSC | 1:5 (0:0) | |
| 13:30 | FSV Frankfurt | - | FC Ingolstadt 04 | 0:2 (0:0) | ||
| 13:30 | FC St. Pauli | - | Energie Cottbus | 0:0 (0:0) | ||
| 04.02.2013 | 20:15 | TSV 1860 München | - | 1. FC Kaiserslautern | 0:1 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Eintracht Braunschweig | 20 | 14 | 5 | 1 | 37:16 | 21 | 47 |
| 2 |
|
Hertha BSC | 20 | 13 | 6 | 1 | 41:16 | 25 | 45 |
| 3 |
|
1. FC Kaiserslautern | 20 | 9 | 8 | 3 | 30:21 | 9 | 35 |
| 4 |
|
1. FC Union Berlin | 20 | 8 | 6 | 6 | 33:28 | 5 | 30 |
| 5 |
|
Energie Cottbus | 20 | 8 | 6 | 6 | 26:23 | 3 | 30 |
| 6 |
|
VfR Aalen | 20 | 8 | 5 | 7 | 22:18 | 4 | 29 |
| 7 |
|
FC Ingolstadt 04 | 20 | 7 | 8 | 5 | 24:21 | 3 | 29 |
| 8 |
|
1. FC Köln | 20 | 7 | 8 | 5 | 24:22 | 2 | 29 |
| 9 |
|
TSV 1860 München | 20 | 6 | 9 | 5 | 21:18 | 3 | 27 |
| 10 |
|
FSV Frankfurt | 20 | 8 | 3 | 9 | 27:26 | 1 | 27 |
| 11 |
|
Erzgebirge Aue | 20 | 6 | 5 | 9 | 28:30 | -2 | 23 |
| 12 |
|
SC Paderborn 07 | 20 | 6 | 5 | 9 | 24:26 | -2 | 23 |
| 13 |
|
FC St. Pauli | 20 | 5 | 8 | 7 | 18:22 | -4 | 23 |
| 14 |
|
MSV Duisburg | 20 | 6 | 4 | 10 | 20:32 | -12 | 22 |
| 15 |
|
VfL Bochum | 20 | 5 | 6 | 9 | 26:35 | -9 | 21 |
| 16 |
|
Dynamo Dresden | 20 | 3 | 8 | 9 | 19:29 | -10 | 17 |
| 17 |
|
SV Sandhausen | 20 | 3 | 6 | 11 | 21:42 | -21 | 15 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 20 | 3 | 4 | 13 | 23:39 | -16 | 13 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
