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| 22.02.2013 | 18:00 | VfL Bochum | - | MSV Duisburg | 2:2 (0:1) | |
| 18:00 | FC St. Pauli | - | FSV Frankfurt | 3:0 (1:0) | ||
| 18:00 | Erzgebirge Aue | - | VfR Aalen | 1:1 (1:0) | ||
| 23.02.2013 | 13:00 | 1. FC Köln | - | 1. FC Union Berlin | 2:0 (1:0) | |
| 13:00 | FC Ingolstadt 04 | - | Dynamo Dresden | 1:1 (1:0) | ||
| 24.02.2013 | 13:30 | SV Sandhausen | - | SC Paderborn 07 | 1:3 (1:0) | |
| 13:30 | Eintracht Braunschweig | - | TSV 1860 München | 1:2 (0:0) | ||
| 13:30 | Energie Cottbus | - | Jahn Regensburg | 1:1 (0:1) | ||
| 25.02.2013 | 20:15 | Hertha BSC | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Hertha BSC | 23 | 15 | 7 | 1 | 45:18 | 27 | 52 |
| 2 |
|
Eintracht Braunschweig | 23 | 15 | 6 | 2 | 40:19 | 21 | 51 |
| 3 |
|
1. FC Kaiserslautern | 23 | 10 | 9 | 4 | 33:22 | 11 | 39 |
| 4 |
|
1. FC Köln | 23 | 9 | 9 | 5 | 27:22 | 5 | 36 |
| 5 |
|
TSV 1860 München | 23 | 8 | 9 | 6 | 26:21 | 5 | 33 |
| 6 |
|
FSV Frankfurt | 23 | 10 | 3 | 10 | 30:29 | 1 | 33 |
| 7 |
|
SC Paderborn 07 | 23 | 9 | 5 | 9 | 32:28 | 4 | 32 |
| 8 |
|
1. FC Union Berlin | 23 | 8 | 8 | 7 | 36:33 | 3 | 32 |
| 9 |
|
Energie Cottbus | 23 | 8 | 8 | 7 | 27:25 | 2 | 32 |
| 10 |
|
VfR Aalen | 23 | 8 | 7 | 8 | 24:21 | 3 | 31 |
| 11 |
|
FC Ingolstadt 04 | 23 | 7 | 10 | 6 | 27:26 | 1 | 31 |
| 12 |
|
FC St. Pauli | 23 | 6 | 8 | 9 | 22:27 | -5 | 26 |
| 13 |
|
VfL Bochum | 23 | 6 | 7 | 10 | 29:39 | -10 | 25 |
| 14 |
|
Erzgebirge Aue | 23 | 6 | 6 | 11 | 29:35 | -6 | 24 |
| 15 |
|
MSV Duisburg | 23 | 6 | 6 | 11 | 23:37 | -14 | 24 |
| 16 |
|
Dynamo Dresden | 23 | 4 | 9 | 10 | 23:34 | -11 | 21 |
| 17 |
|
SV Sandhausen | 23 | 4 | 6 | 13 | 27:49 | -22 | 18 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 23 | 4 | 5 | 14 | 26:41 | -15 | 17 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
