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| 15.03.2013 | 18:00 | 1. FC Union Berlin | - | FC St. Pauli | 4:2 (2:1) | |
| 18:00 | SC Paderborn 07 | - | FSV Frankfurt | 3:0 (1:0) | ||
| 18:00 | MSV Duisburg | - | Energie Cottbus | 2:1 (1:0) | ||
| 16.03.2013 | 13:00 | TSV 1860 München | - | Hertha BSC | 0:0 (0:0) | |
| 13:00 | VfL Bochum | - | Eintracht Braunschweig | 0:1 (0:0) | ||
| 17.03.2013 | 13:30 | 1. FC Kaiserslautern | - | FC Ingolstadt 04 | 3:0 (1:0) | |
| 13:30 | Jahn Regensburg | - | Erzgebirge Aue | 1:1 (1:1) | ||
| 13:30 | VfR Aalen | - | SV Sandhausen | 2:2 (1:0) | ||
| 18.03.2013 | 20:15 | Dynamo Dresden | - | 1. FC Köln | 0:2 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Hertha BSC | 26 | 16 | 8 | 2 | 49:21 | 28 | 56 |
| 2 |
|
Eintracht Braunschweig | 26 | 16 | 7 | 3 | 42:21 | 21 | 55 |
| 3 |
|
1. FC Kaiserslautern | 26 | 11 | 11 | 4 | 37:23 | 14 | 44 |
| 4 |
|
1. FC Köln | 26 | 11 | 10 | 5 | 33:23 | 10 | 43 |
| 5 |
|
1. FC Union Berlin | 26 | 10 | 8 | 8 | 44:37 | 7 | 38 |
| 6 |
|
TSV 1860 München | 26 | 9 | 11 | 6 | 28:22 | 6 | 38 |
| 7 |
|
Energie Cottbus | 26 | 10 | 8 | 8 | 31:28 | 3 | 38 |
| 8 |
|
FSV Frankfurt | 26 | 11 | 4 | 11 | 37:34 | 3 | 37 |
| 9 |
|
SC Paderborn 07 | 26 | 10 | 5 | 11 | 35:32 | 3 | 35 |
| 10 |
|
FC Ingolstadt 04 | 26 | 8 | 11 | 7 | 30:31 | -1 | 35 |
| 11 |
|
VfR Aalen | 26 | 8 | 8 | 10 | 27:30 | -3 | 32 |
| 12 |
|
FC St. Pauli | 26 | 8 | 8 | 10 | 28:33 | -5 | 32 |
| 13 |
|
MSV Duisburg | 26 | 8 | 6 | 12 | 28:42 | -14 | 30 |
| 14 |
|
Erzgebirge Aue | 26 | 7 | 7 | 12 | 31:39 | -8 | 28 |
| 15 |
|
VfL Bochum | 26 | 6 | 8 | 12 | 30:42 | -12 | 26 |
| 16 |
|
Dynamo Dresden | 26 | 5 | 9 | 12 | 24:37 | -13 | 24 |
| 17 |
|
SV Sandhausen | 26 | 5 | 7 | 14 | 32:53 | -21 | 22 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 26 | 4 | 6 | 16 | 30:48 | -18 | 18 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
