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| 12.05.2013 | 13:30 | 1. FC Köln | - | Hertha BSC | 1:2 (0:1) | |
| 13:30 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Kaiserslautern | 1:3 (1:2) | ||
| 13:30 | SC Paderborn 07 | - | TSV 1860 München | 2:0 (1:0) | ||
| 13:30 | FC St. Pauli | - | Eintracht Braunschweig | 5:1 (2:0) | ||
| 13:30 | VfR Aalen | - | Dynamo Dresden | 3:0 (1:0) | ||
| 13:30 | 1. FC Union Berlin | - | MSV Duisburg | 2:1 (0:0) | ||
| 13:30 | FSV Frankfurt | - | VfL Bochum | 2:1 (1:0) | ||
| 13:30 | Erzgebirge Aue | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 (0:0) | ||
| 13:30 | Energie Cottbus | - | SV Sandhausen | 3:0 (2:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Hertha BSC | 33 | 22 | 9 | 2 | 64:27 | 37 | 75 |
| 2 |
|
Eintracht Braunschweig | 33 | 19 | 9 | 5 | 50:32 | 18 | 66 |
| 3 |
|
1. FC Kaiserslautern | 33 | 15 | 13 | 5 | 54:31 | 23 | 58 |
| 4 |
|
FSV Frankfurt | 33 | 16 | 5 | 12 | 53:43 | 10 | 53 |
| 5 |
|
1. FC Köln | 33 | 13 | 12 | 8 | 40:33 | 7 | 51 |
| 6 |
|
Energie Cottbus | 33 | 12 | 11 | 10 | 40:35 | 5 | 47 |
| 7 |
|
TSV 1860 München | 33 | 11 | 13 | 9 | 36:31 | 5 | 46 |
| 8 |
|
VfR Aalen | 33 | 12 | 10 | 11 | 40:36 | 4 | 46 |
| 9 |
|
1. FC Union Berlin | 33 | 12 | 10 | 11 | 48:48 | 0 | 46 |
| 10 |
|
SC Paderborn 07 | 33 | 11 | 9 | 13 | 43:42 | 1 | 42 |
| 11 |
|
FC Ingolstadt 04 | 33 | 10 | 12 | 11 | 36:40 | -4 | 42 |
| 12 |
|
FC St. Pauli | 33 | 10 | 10 | 13 | 42:46 | -4 | 40 |
| 13 |
|
MSV Duisburg | 33 | 10 | 10 | 13 | 34:47 | -13 | 40 |
| 14 |
|
VfL Bochum | 33 | 10 | 8 | 15 | 39:50 | -11 | 38 |
| 15 |
|
Erzgebirge Aue | 33 | 8 | 10 | 15 | 38:46 | -8 | 34 |
| 16 |
|
Dynamo Dresden | 33 | 8 | 10 | 15 | 32:48 | -16 | 34 |
| 17 |
|
SV Sandhausen | 33 | 6 | 8 | 19 | 38:65 | -27 | 26 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 33 | 4 | 7 | 22 | 35:62 | -27 | 19 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
