# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 4 4 0 0 7:1 6 12
2 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 4 3 1 0 8:2 6 10
3 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 4 3 1 0 7:2 5 10
4 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 4 2 2 0 6:2 4 8
5 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 4 2 2 0 8:5 3 8
6 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 4 2 1 1 7:7 0 7
7 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 4 2 0 2 6:6 0 6
8 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 4 2 0 2 3:6 -3 6
9 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 4 1 2 1 5:4 1 5
10 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 4 1 2 1 6:6 0 5
11 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 4 1 2 1 3:4 -1 5
12 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 4 1 1 2 8:7 1 4
13 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 4 1 1 2 7:8 -1 4
14 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 4 1 1 2 2:4 -2 4
15 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 4 1 0 3 3:4 -1 3
16 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 4 0 1 3 4:8 -4 1
17 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 4 0 1 3 1:5 -4 1
18 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 4 0 0 4 2:12 -10 0
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.