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| 21.09.2012 | 18:00 | 1. FC Union Berlin | - | 1. FC Köln | 2:1 (1:1) | |
| 18:00 | FSV Frankfurt | - | FC St. Pauli | 2:1 (1:0) | ||
| 18:00 | VfR Aalen | - | Erzgebirge Aue | 2:0 (1:0) | ||
| 22.09.2012 | 13:00 | 1. FC Kaiserslautern | - | Hertha BSC | 1:1 (0:0) | |
| 13:00 | SC Paderborn 07 | - | SV Sandhausen | 3:0 (0:0) | ||
| 13:00 | Jahn Regensburg | - | Energie Cottbus | 0:1 (0:1) | ||
| 23.09.2012 | 13:30 | TSV 1860 München | - | Eintracht Braunschweig | 1:1 (0:1) | |
| 13:30 | Dynamo Dresden | - | FC Ingolstadt 04 | 0:1 (0:0) | ||
| 13:30 | MSV Duisburg | - | VfL Bochum | 0:0 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Eintracht Braunschweig | 6 | 5 | 1 | 0 | 9:2 | 7 | 16 |
| 2 |
|
Energie Cottbus | 6 | 4 | 2 | 0 | 11:4 | 7 | 14 |
| 3 |
|
FSV Frankfurt | 6 | 4 | 2 | 0 | 11:5 | 6 | 14 |
| 4 |
|
1. FC Kaiserslautern | 6 | 3 | 3 | 0 | 11:7 | 4 | 12 |
| 5 |
|
Hertha BSC | 6 | 3 | 2 | 1 | 10:8 | 2 | 11 |
| 6 |
|
FC Ingolstadt 04 | 6 | 3 | 2 | 1 | 9:7 | 2 | 11 |
| 7 |
|
SC Paderborn 07 | 6 | 3 | 1 | 2 | 12:7 | 5 | 10 |
| 8 |
|
TSV 1860 München | 6 | 2 | 4 | 0 | 7:3 | 4 | 10 |
| 9 |
|
VfR Aalen | 6 | 3 | 0 | 3 | 8:8 | 0 | 9 |
| 10 |
|
VfL Bochum | 6 | 2 | 2 | 2 | 3:6 | -3 | 8 |
| 11 |
|
SV Sandhausen | 6 | 1 | 3 | 2 | 6:8 | -2 | 6 |
| 12 |
|
FC St. Pauli | 6 | 1 | 3 | 2 | 4:6 | -2 | 6 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 6 | 1 | 2 | 3 | 8:10 | -2 | 5 |
| 14 |
|
1. FC Union Berlin | 6 | 1 | 1 | 4 | 7:11 | -4 | 4 |
| 15 |
|
Erzgebirge Aue | 6 | 1 | 1 | 4 | 2:7 | -5 | 4 |
| 16 |
|
Jahn Regensburg | 6 | 1 | 0 | 5 | 3:6 | -3 | 3 |
| 17 |
|
1. FC Köln | 6 | 0 | 2 | 4 | 2:7 | -5 | 2 |
| 18 |
|
MSV Duisburg | 6 | 0 | 1 | 5 | 3:14 | -11 | 1 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
