# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 34 22 10 2 65:28 37 76
2 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 34 19 10 5 52:34 18 67
3 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 34 15 13 6 55:33 22 58
4 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 34 16 6 12 55:45 10 54
5 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 34 14 12 8 43:33 10 54
6 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 34 12 13 9 39:31 8 49
7 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 34 13 10 11 50:49 1 49
8 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 34 12 12 10 41:36 5 48
9 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 34 12 10 12 40:39 1 46
10 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 34 11 10 13 44:47 -3 43
11 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 34 11 10 13 37:49 -12 43
12 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 34 11 9 14 45:45 0 42
13 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 34 10 12 12 36:43 -7 42
14 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 34 10 8 16 40:52 -12 38
15 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 34 9 10 15 39:46 -7 37
16 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 34 9 10 15 35:49 -14 37
17 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 34 6 8 20 38:66 -28 26
18 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 34 4 7 23 36:65 -29 19
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.