# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 1 1 0 0 4:1 3 3
2 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 1 1 0 0 2:0 2 3
3 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 1 1 0 0 2:1 1 3
4 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 1 1 0 0 1:0 1 3
5 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 1 0 1 0 2:2 0 1
6 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 1 0 1 0 1:1 0 1
7 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 0 0 0 0 0:0 0 0
  Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 0 0 0 0 0:0 0 0
  Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 0 0 0 0 0:0 0 0
  Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 0 0 0 0 0:0 0 0
  Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 0 0 0 0 0:0 0 0
  Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 0 0 0 0 0:0 0 0
  SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 0 0 0 0 0:0 0 0
  SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 0 0 0 0 0:0 0 0
  VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 0 0 0 0 0:0 0 0
  Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 0 0 0 0 0:0 0 0
17 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 1 0 0 1 1:2 -1 0
18 Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 1 0 0 1 0:1 -1 0
19 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 1 0 0 1 0:2 -2 0
20 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 1 0 0 1 0:3 -3 0
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.