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| 05.12.2008 | 19:00 | SV Sandhausen | - | Eintracht Braunschweig | 0:1 (0:1) | |
| 06.12.2008 | 14:00 | Bayern München II | - | VfB Stuttgart II | 1:1 (0:0) | |
| 14:00 | Kickers Emden | - | Kickers Offenbach | 1:1 (0:0) | ||
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | 1. FC Union Berlin | 1:1 (1:0) | ||
| 14:00 | Erzgebirge Aue | - | Wuppertaler SV | 1:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Jahn Regensburg | - | Dynamo Dresden | 1:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Fortuna Düsseldorf | - | VfR Aalen | 1:1 (0:1) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | SC Paderborn 07 | 2:0 (1:0) | ||
| 07.12.2008 | 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | FC Carl Zeiss Jena | 1:0 (1:0) | |
| 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | Werder Bremen II | 3:2 (3:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 18 | 12 | 2 | 4 | 36:21 | 15 | 38 |
| 2 |
|
1. FC Union Berlin | 18 | 10 | 6 | 2 | 31:15 | 16 | 36 |
| 3 |
|
Kickers Emden | 18 | 10 | 5 | 3 | 24:15 | 9 | 35 |
| 4 |
|
Fortuna Düsseldorf | 18 | 10 | 3 | 5 | 28:14 | 14 | 33 |
| 5 |
|
Bayern München II | 18 | 6 | 11 | 1 | 24:18 | 6 | 29 |
| 6 |
|
SpVgg Unterhaching | 18 | 8 | 5 | 5 | 23:24 | -1 | 29 |
| 7 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 18 | 8 | 3 | 7 | 25:20 | 5 | 27 |
| 8 |
|
Kickers Offenbach | 18 | 6 | 8 | 4 | 23:18 | 5 | 26 |
| 9 |
|
VfB Stuttgart II | 18 | 6 | 6 | 6 | 32:24 | 8 | 24 |
| 10 |
|
SV Sandhausen | 18 | 6 | 6 | 6 | 29:26 | 3 | 24 |
| 11 |
|
Eintracht Braunschweig | 18 | 6 | 5 | 7 | 23:20 | 3 | 23 |
| 12 |
|
Erzgebirge Aue | 18 | 6 | 5 | 7 | 23:25 | -2 | 23 |
| 13 |
|
VfR Aalen | 18 | 4 | 10 | 4 | 15:21 | -6 | 22 |
| 14 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 18 | 5 | 6 | 7 | 22:28 | -6 | 21 |
| 15 |
|
Wacker Burghausen | 18 | 5 | 4 | 9 | 24:35 | -11 | 19 |
| 16 |
|
Wuppertaler SV | 18 | 4 | 6 | 8 | 18:26 | -8 | 18 |
| 17 |
|
Dynamo Dresden | 18 | 4 | 5 | 9 | 13:21 | -8 | 17 |
| 18 |
|
Jahn Regensburg | 18 | 3 | 7 | 8 | 16:30 | -14 | 16 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 18 | 2 | 4 | 12 | 23:35 | -12 | 10 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 18 | 2 | 7 | 9 | 24:40 | -16 | 10 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
