# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Kickers Emden, Deutschland Kickers Emden 3 3 0 0 4:1 3 9
2 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 3 2 1 0 6:1 5 7
3 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 3 2 1 0 5:3 2 7
4 Fortuna Düsseldorf, Deutschland Fortuna Düsseldorf 3 2 0 1 7:4 3 6
5 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 3 1 2 0 4:2 2 5
6 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 3 1 2 0 4:3 1 5
7 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 3 1 2 0 3:2 1 5
8 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 3 1 1 1 5:4 1 4
9 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 3 1 1 1 3:2 1 4
10 FC Carl Zeiss Jena, Deutschland FC Carl Zeiss Jena 3 1 1 1 6:6 0 4
11 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 3 1 1 1 4:4 0 4
12 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 3 1 1 1 3:3 0 4
13 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 3 1 1 1 5:6 -1 4
14 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 3 1 0 2 8:6 2 3
15 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 3 1 0 2 2:3 -1 3
16 Werder Bremen II, Deutschland Werder Bremen II 3 1 0 2 4:7 -3 3
17 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 3 1 0 2 2:6 -4 3
18 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 3 0 1 2 2:5 -3 1
  Wuppertaler SV, Deutschland Wuppertaler SV 3 0 1 2 2:5 -3 1
20 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 3 0 0 3 0:6 -6 -3
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen.

# Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten.