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| 05.05.2009 | 18:30 | FC Carl Zeiss Jena | - | Stuttgarter Kickers | 0:0 (0:0) | |
| 08.05.2009 | 19:00 | Wacker Burghausen | - | Werder Bremen II | 2:2 (1:2) | |
| 09.05.2009 | 14:00 | Bayern München II | - | Kickers Emden | 4:0 (1:0) | |
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Erzgebirge Aue | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Union Berlin | - | Jahn Regensburg | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Wuppertaler SV | - | SV Sandhausen | 1:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Dynamo Dresden | - | SpVgg Unterhaching | 1:0 (0:0) | ||
| 14:00 | VfR Aalen | - | SC Paderborn 07 | 3:3 (1:1) | ||
| 10.05.2009 | 14:00 | VfB Stuttgart II | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:1 (2:0) | |
| 14:00 | Eintracht Braunschweig | - | Fortuna Düsseldorf | 5:5 (1:2) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
1. FC Union Berlin | 35 | 21 | 11 | 3 | 55:19 | 36 | 74 |
| 2 |
|
SC Paderborn 07 | 35 | 18 | 8 | 9 | 59:36 | 23 | 62 |
| 3 |
|
SpVgg Unterhaching | 35 | 18 | 7 | 10 | 50:41 | 9 | 61 |
| 4 |
|
Fortuna Düsseldorf | 35 | 17 | 9 | 9 | 50:32 | 18 | 60 |
| 5 |
|
Bayern München II | 35 | 13 | 15 | 7 | 48:34 | 14 | 54 |
| 6 |
|
Kickers Emden | 35 | 14 | 10 | 11 | 40:41 | -1 | 52 |
| 7 |
|
Kickers Offenbach | 35 | 12 | 13 | 10 | 38:33 | 5 | 49 |
| 8 |
|
VfB Stuttgart II | 35 | 13 | 9 | 13 | 57:44 | 13 | 48 |
| 9 |
|
SV Sandhausen | 35 | 12 | 11 | 12 | 51:45 | 6 | 47 |
| 10 |
|
Erzgebirge Aue | 35 | 12 | 11 | 12 | 42:40 | 2 | 47 |
| 11 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 35 | 13 | 8 | 14 | 42:44 | -2 | 47 |
| 12 |
|
Dynamo Dresden | 35 | 12 | 9 | 14 | 40:42 | -2 | 45 |
| 13 |
|
Eintracht Braunschweig | 35 | 12 | 8 | 15 | 43:44 | -1 | 44 |
| 14 |
|
Wuppertaler SV | 35 | 10 | 11 | 14 | 33:41 | -8 | 41 |
| 15 |
|
Jahn Regensburg | 35 | 9 | 12 | 14 | 32:48 | -16 | 39 |
| 16 |
|
Wacker Burghausen | 35 | 9 | 10 | 16 | 37:55 | -18 | 37 |
| 17 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 35 | 9 | 10 | 16 | 35:53 | -18 | 37 |
| 18 |
|
VfR Aalen | 35 | 7 | 15 | 13 | 32:55 | -23 | 36 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 35 | 8 | 10 | 17 | 45:57 | -12 | 34 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 35 | 7 | 11 | 17 | 37:62 | -25 | 29 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
