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| Tabelle | Heim | » Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 19 | 10 | 6 | 3 | 26:13 | 13 | 36 |
| 2 |
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SC Paderborn 07 | 19 | 11 | 2 | 6 | 39:26 | 13 | 35 |
| 3 |
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Fortuna Düsseldorf | 19 | 9 | 3 | 7 | 26:18 | 8 | 30 |
| 4 |
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Kickers Emden | 19 | 6 | 6 | 7 | 16:23 | -7 | 24 |
| 5 |
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Bayern München II | 19 | 4 | 11 | 4 | 21:20 | 1 | 23 |
| 6 |
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Erzgebirge Aue | 19 | 5 | 7 | 7 | 23:25 | -2 | 22 |
| 7 |
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SpVgg Unterhaching | 19 | 6 | 4 | 9 | 27:35 | -8 | 22 |
| 8 |
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Dynamo Dresden | 19 | 5 | 5 | 9 | 20:24 | -4 | 20 |
| 9 |
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SV Sandhausen | 19 | 4 | 7 | 8 | 26:32 | -6 | 19 |
| 10 |
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VfB Stuttgart II | 19 | 4 | 6 | 9 | 29:30 | -1 | 18 |
| 11 |
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Kickers Offenbach | 19 | 3 | 9 | 7 | 15:21 | -6 | 18 |
| 12 |
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Rot-Weiß Erfurt | 19 | 4 | 5 | 10 | 16:26 | -10 | 17 |
| 13 |
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Wuppertaler SV | 19 | 3 | 8 | 8 | 12:22 | -10 | 17 |
| 14 |
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Jahn Regensburg | 19 | 3 | 8 | 8 | 17:28 | -11 | 17 |
| 15 |
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FC Carl Zeiss Jena | 19 | 4 | 3 | 12 | 18:32 | -14 | 15 |
| 16 |
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Eintracht Braunschweig | 19 | 4 | 3 | 12 | 13:28 | -15 | 15 |
| 17 |
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Wacker Burghausen | 19 | 3 | 6 | 10 | 18:37 | -19 | 15 |
| 18 |
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Stuttgarter Kickers | 19 | 3 | 5 | 11 | 17:39 | -22 | 14 |
| 19 |
|
VfR Aalen | 19 | 2 | 6 | 11 | 14:37 | -23 | 12 |
| 20 |
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Werder Bremen II | 19 | 2 | 4 | 13 | 15:32 | -17 | 10 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
