 |
 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Unterhaching | 19 | 14 | 3 | 2 | 30:11 | 19 | 45 |
| 2 |
|
1. FC Union Berlin | 19 | 12 | 6 | 1 | 33:10 | 23 | 42 |
| 3 |
|
Fortuna Düsseldorf | 19 | 11 | 6 | 2 | 28:15 | 13 | 39 |
| 4 |
|
Bayern München II | 19 | 10 | 6 | 3 | 33:18 | 15 | 36 |
| 5 |
|
Kickers Emden | 19 | 10 | 5 | 4 | 29:21 | 8 | 35 |
| 6 |
|
Kickers Offenbach | 19 | 9 | 7 | 3 | 25:14 | 11 | 34 |
| 7 |
|
SC Paderborn 07 | 19 | 9 | 6 | 4 | 29:12 | 17 | 33 |
| 8 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 19 | 9 | 6 | 4 | 30:22 | 8 | 33 |
| 9 |
|
SV Sandhausen | 19 | 8 | 7 | 4 | 32:20 | 12 | 31 |
|
VfB Stuttgart II | 19 | 9 | 4 | 6 | 32:20 | 12 | 31 | |
| 11 |
|
Eintracht Braunschweig | 19 | 8 | 6 | 5 | 33:23 | 10 | 30 |
| 12 |
|
Werder Bremen II | 19 | 8 | 6 | 5 | 34:26 | 8 | 30 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 19 | 8 | 6 | 5 | 26:22 | 4 | 30 |
| 14 |
|
Wuppertaler SV | 19 | 8 | 4 | 7 | 24:23 | 1 | 28 |
| 15 |
|
Jahn Regensburg | 19 | 8 | 4 | 7 | 20:23 | -3 | 28 |
| 16 |
|
VfR Aalen | 19 | 6 | 9 | 4 | 24:23 | 1 | 27 |
| 17 |
|
Erzgebirge Aue | 19 | 7 | 5 | 7 | 20:18 | 2 | 26 |
| 18 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 19 | 6 | 8 | 5 | 23:27 | -4 | 26 |
| 19 |
|
Wacker Burghausen | 19 | 7 | 4 | 8 | 22:28 | -6 | 25 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 19 | 4 | 6 | 9 | 21:32 | -11 | 18 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
|
# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
