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| Tabelle | » Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 19 | 13 | 2 | 4 | 38:21 | 17 | 41 |
| 2 |
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1. FC Union Berlin | 19 | 11 | 6 | 2 | 33:15 | 18 | 39 |
| 3 |
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Kickers Emden | 19 | 10 | 5 | 4 | 24:17 | 7 | 35 |
| 4 |
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Fortuna Düsseldorf | 19 | 10 | 3 | 6 | 28:16 | 12 | 33 |
| 5 |
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SpVgg Unterhaching | 19 | 9 | 5 | 5 | 26:26 | 0 | 32 |
| 6 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 19 | 9 | 3 | 7 | 27:20 | 7 | 30 |
| 7 |
|
Kickers Offenbach | 19 | 7 | 8 | 4 | 25:18 | 7 | 29 |
| 8 |
|
Bayern München II | 19 | 6 | 11 | 2 | 24:20 | 4 | 29 |
| 9 |
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VfB Stuttgart II | 19 | 7 | 6 | 6 | 35:24 | 11 | 27 |
| 10 |
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SV Sandhausen | 19 | 6 | 6 | 7 | 29:28 | 1 | 24 |
| 11 |
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FC Carl Zeiss Jena | 19 | 6 | 6 | 7 | 24:28 | -4 | 24 |
| 12 |
|
Eintracht Braunschweig | 19 | 6 | 5 | 8 | 23:23 | 0 | 23 |
| 13 |
|
Erzgebirge Aue | 19 | 6 | 5 | 8 | 24:28 | -4 | 23 |
| 14 |
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VfR Aalen | 19 | 4 | 10 | 5 | 17:24 | -7 | 22 |
| 15 |
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Dynamo Dresden | 19 | 5 | 5 | 9 | 16:22 | -6 | 20 |
| 16 |
|
Jahn Regensburg | 19 | 4 | 7 | 8 | 19:30 | -11 | 19 |
| 17 |
|
Wacker Burghausen | 19 | 5 | 4 | 10 | 24:38 | -14 | 19 |
| 18 |
|
Wuppertaler SV | 19 | 4 | 6 | 9 | 18:28 | -10 | 18 |
| 19 |
|
Werder Bremen II | 19 | 3 | 4 | 12 | 25:35 | -10 | 13 |
| 20 |
|
Stuttgarter Kickers | 19 | 2 | 7 | 10 | 24:42 | -18 | 13 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
