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| 21.09.2012 | 19:00 | SV Wehen Wiesbaden | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 1:1 (0:0) | |
| 22.09.2012 | 14:00 | SV Babelsberg 03 | - | Alemannia Aachen | 1:0 (1:0) | |
| 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | Borussia Dortmund II | 4:3 (2:0) | ||
| 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | 1. FC Saarbrücken | 1:2 (1:2) | ||
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | Kickers Offenbach | 1:1 (1:0) | ||
| 14:00 | Karlsruher SC | - | Wacker Burghausen | 1:2 (1:1) | ||
| 14:00 | SV Darmstadt 98 | - | VfB Stuttgart II | 3:1 (1:0) | ||
| 14:00 | Chemnitzer FC | - | VfL Osnabrück | 0:2 (0:0) | ||
| 14:00 | Preußen Münster | - | Arminia Bielefeld | 4:0 (1:0) | ||
| 14:30 | Hansa Rostock | - | Hallescher FC | 2:0 (2:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Unterhaching | 10 | 7 | 1 | 2 | 20:13 | 7 | 22 |
| 2 |
|
Preußen Münster | 10 | 6 | 3 | 1 | 20:7 | 13 | 21 |
| 3 |
|
Arminia Bielefeld | 10 | 6 | 2 | 2 | 17:12 | 5 | 20 |
| 4 |
|
VfL Osnabrück | 10 | 6 | 1 | 3 | 12:7 | 5 | 19 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 10 | 5 | 3 | 2 | 19:14 | 5 | 18 |
| 6 |
|
Hansa Rostock | 10 | 4 | 3 | 3 | 14:15 | -1 | 15 |
| 7 |
|
VfB Stuttgart II | 10 | 4 | 2 | 4 | 13:12 | 1 | 14 |
| 8 |
|
Chemnitzer FC | 10 | 4 | 2 | 4 | 12:12 | 0 | 14 |
| 9 |
|
Hallescher FC | 10 | 3 | 4 | 3 | 8:8 | 0 | 13 |
| 10 |
|
1. FC Saarbrücken | 10 | 4 | 1 | 5 | 13:15 | -2 | 13 |
| 11 |
|
Wacker Burghausen | 10 | 4 | 1 | 5 | 10:13 | -3 | 13 |
| 12 |
|
Stuttgarter Kickers | 10 | 3 | 3 | 4 | 14:10 | 4 | 12 |
| 13 |
|
Karlsruher SC | 10 | 2 | 5 | 3 | 11:9 | 2 | 11 |
| 14 |
|
Kickers Offenbach | 10 | 3 | 3 | 4 | 13:14 | -1 | 10 |
| 15 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 10 | 1 | 7 | 2 | 12:13 | -1 | 10 |
| 16 |
|
SV Darmstadt 98 | 10 | 2 | 4 | 4 | 10:14 | -4 | 10 |
| 17 |
|
SV Babelsberg 03 | 10 | 3 | 1 | 6 | 9:15 | -6 | 10 |
| 18 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 10 | 2 | 3 | 5 | 11:16 | -5 | 9 |
| 19 |
|
Borussia Dortmund II | 10 | 1 | 3 | 6 | 9:23 | -14 | 6 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 10 | 2 | 4 | 4 | 11:16 | -5 | 5 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
