# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 14 8 5 1 25:10 15 29
2 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 14 9 2 3 21:10 11 29
3 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 14 8 3 3 21:14 7 27
4 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 14 8 3 3 26:20 6 27
5 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 14 8 1 5 21:15 6 25
6 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 14 7 3 4 26:22 4 24
7 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 14 7 3 4 18:18 0 24
8 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 14 6 3 5 19:16 3 21
9 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 14 6 4 4 26:18 8 20
10 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 14 4 7 3 16:9 7 19
11 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 14 5 3 6 17:17 0 18
12 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 14 5 2 7 17:23 -6 17
13 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 14 4 3 7 18:17 1 15
14 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 14 3 5 6 11:18 -7 14
15 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 14 1 10 3 15:17 -2 13
16 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 14 3 3 8 11:21 -10 12
17 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 14 2 5 7 13:21 -8 11
18 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 14 2 4 8 13:27 -14 10
19 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 14 2 4 8 12:27 -15 10
20 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 14 3 5 6 15:21 -6 9
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.