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| 02.11.2012 | 19:00 | SpVgg Unterhaching | - | Wacker Burghausen | 3:0 (0:0) | |
| 19:00 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Alemannia Aachen | 1:1 (0:1) | ||
| 03.11.2012 | 14:00 | SV Babelsberg 03 | - | Stuttgarter Kickers | 1:0 (1:0) | |
| 14:00 | VfB Stuttgart II | - | VfL Osnabrück | 1:2 (1:0) | ||
| 14:00 | Hallescher FC | - | Arminia Bielefeld | 2:2 (1:2) | ||
| 14:00 | SV Wehen Wiesbaden | - | Borussia Dortmund II | 3:1 (1:1) | ||
| 14:00 | Hansa Rostock | - | 1. FC Saarbrücken | 2:0 (2:0) | ||
| 14:00 | SV Darmstadt 98 | - | Kickers Offenbach | 1:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Chemnitzer FC | - | Karlsruher SC | 1:2 (1:2) | ||
| 14:00 | Preußen Münster | - | Rot-Weiß Erfurt | 3:2 (2:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
VfL Osnabrück | 16 | 11 | 2 | 3 | 25:11 | 14 | 35 |
| 2 |
|
Preußen Münster | 16 | 9 | 5 | 2 | 29:14 | 15 | 32 |
| 3 |
|
SpVgg Unterhaching | 16 | 9 | 4 | 3 | 29:20 | 9 | 31 |
| 4 |
|
Arminia Bielefeld | 16 | 9 | 4 | 3 | 24:16 | 8 | 31 |
| 5 |
|
Hansa Rostock | 16 | 8 | 4 | 4 | 20:18 | 2 | 28 |
| 6 |
|
Karlsruher SC | 16 | 6 | 7 | 3 | 20:11 | 9 | 25 |
| 7 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 16 | 7 | 4 | 5 | 27:24 | 3 | 25 |
| 8 |
|
Wacker Burghausen | 16 | 8 | 1 | 7 | 22:21 | 1 | 25 |
| 9 |
|
Chemnitzer FC | 16 | 6 | 4 | 6 | 20:18 | 2 | 22 |
| 10 |
|
Kickers Offenbach | 16 | 6 | 5 | 5 | 26:19 | 7 | 21 |
| 11 |
|
VfB Stuttgart II | 16 | 6 | 3 | 7 | 21:20 | 1 | 21 |
| 12 |
|
1. FC Saarbrücken | 16 | 6 | 2 | 8 | 20:26 | -6 | 20 |
| 13 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 16 | 2 | 11 | 3 | 19:19 | 0 | 17 |
| 14 |
|
Stuttgarter Kickers | 16 | 4 | 4 | 8 | 18:18 | 0 | 16 |
| 15 |
|
SV Babelsberg 03 | 16 | 4 | 4 | 8 | 13:22 | -9 | 16 |
| 16 |
|
Hallescher FC | 16 | 3 | 6 | 7 | 13:22 | -9 | 15 |
| 17 |
|
SV Darmstadt 98 | 16 | 3 | 5 | 8 | 15:24 | -9 | 14 |
| 18 |
|
Alemannia Aachen | 16 | 3 | 7 | 6 | 17:23 | -6 | 11 |
| 19 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 16 | 2 | 5 | 9 | 16:31 | -15 | 11 |
| 20 |
|
Borussia Dortmund II | 16 | 2 | 5 | 9 | 13:30 | -17 | 11 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
