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| 09.11.2012 | 19:00 | SpVgg Unterhaching | - | SV Babelsberg 03 | 0:1 (0:1) | |
| 19:00 | Kickers Offenbach | - | Hansa Rostock | 2:1 (1:0) | ||
| 10.11.2012 | 14:00 | Wacker Burghausen | - | VfL Osnabrück | 1:1 (0:1) | |
| 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | Preußen Münster | 0:2 (0:1) | ||
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | Chemnitzer FC | 3:2 (1:0) | ||
| 14:00 | Karlsruher SC | - | SV Darmstadt 98 | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Saarbrücken | - | SV Wehen Wiesbaden | 3:3 (2:3) | ||
| 14:00 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 2:1 (0:1) | ||
| 14:00 | Alemannia Aachen | - | Hallescher FC | 0:3 (0:0) | ||
| 14:00 | Arminia Bielefeld | - | VfB Stuttgart II | 1:1 (0:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
VfL Osnabrück | 17 | 11 | 3 | 3 | 26:12 | 14 | 36 |
| 2 |
|
Preußen Münster | 17 | 10 | 5 | 2 | 31:14 | 17 | 35 |
| 3 |
|
Arminia Bielefeld | 17 | 9 | 5 | 3 | 25:17 | 8 | 32 |
| 4 |
|
SpVgg Unterhaching | 17 | 9 | 4 | 4 | 29:21 | 8 | 31 |
| 5 |
|
Karlsruher SC | 17 | 7 | 7 | 3 | 22:11 | 11 | 28 |
| 6 |
|
Hansa Rostock | 17 | 8 | 4 | 5 | 21:20 | 1 | 28 |
| 7 |
|
Wacker Burghausen | 17 | 8 | 2 | 7 | 23:22 | 1 | 26 |
| 8 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 17 | 7 | 4 | 6 | 28:26 | 2 | 25 |
| 9 |
|
Kickers Offenbach | 17 | 7 | 5 | 5 | 28:20 | 8 | 24 |
| 10 |
|
Chemnitzer FC | 17 | 6 | 4 | 7 | 22:21 | 1 | 22 |
|
VfB Stuttgart II | 17 | 6 | 4 | 7 | 22:21 | 1 | 22 | |
| 12 |
|
1. FC Saarbrücken | 17 | 6 | 3 | 8 | 23:29 | -6 | 21 |
| 13 |
|
SV Babelsberg 03 | 17 | 5 | 4 | 8 | 14:22 | -8 | 19 |
| 14 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 17 | 2 | 12 | 3 | 22:22 | 0 | 18 |
| 15 |
|
Hallescher FC | 17 | 4 | 6 | 7 | 16:22 | -6 | 18 |
| 16 |
|
Stuttgarter Kickers | 17 | 4 | 4 | 9 | 18:20 | -2 | 16 |
| 17 |
|
SV Darmstadt 98 | 17 | 3 | 5 | 9 | 15:26 | -11 | 14 |
| 18 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 17 | 3 | 5 | 9 | 19:33 | -14 | 14 |
| 19 |
|
Borussia Dortmund II | 17 | 3 | 5 | 9 | 15:31 | -16 | 14 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 17 | 3 | 7 | 7 | 17:26 | -9 | 11 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
