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| 16.11.2012 | 19:00 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | 1. FC Saarbrücken | 3:0 (2:0) | |
| 17.11.2012 | 14:00 | Wacker Burghausen | - | SV Babelsberg 03 | 3:1 (3:0) | |
| 14:00 | VfL Osnabrück | - | Arminia Bielefeld | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | VfB Stuttgart II | - | Alemannia Aachen | 2:1 (1:1) | ||
| 14:00 | Hallescher FC | - | Borussia Dortmund II | 0:1 (0:1) | ||
| 14:00 | SV Wehen Wiesbaden | - | Kickers Offenbach | 2:1 (2:0) | ||
| 14:00 | Hansa Rostock | - | Karlsruher SC | 0:3 (0:0) | ||
| 14:00 | Chemnitzer FC | - | Stuttgarter Kickers | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Preußen Münster | - | SpVgg Unterhaching | 0:0 (0:0) | ||
| 18.11.2012 | 14:00 | SV Darmstadt 98 | - | Rot-Weiß Erfurt | 0:1 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
VfL Osnabrück | 18 | 11 | 4 | 3 | 26:12 | 14 | 37 |
| 2 |
|
Preußen Münster | 18 | 10 | 6 | 2 | 31:14 | 17 | 36 |
| 3 |
|
Arminia Bielefeld | 18 | 9 | 6 | 3 | 25:17 | 8 | 33 |
| 4 |
|
SpVgg Unterhaching | 18 | 9 | 5 | 4 | 29:21 | 8 | 32 |
| 5 |
|
Karlsruher SC | 18 | 8 | 7 | 3 | 25:11 | 14 | 31 |
| 6 |
|
Wacker Burghausen | 18 | 9 | 2 | 7 | 26:23 | 3 | 29 |
| 7 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 18 | 8 | 4 | 6 | 31:26 | 5 | 28 |
| 8 |
|
Hansa Rostock | 18 | 8 | 4 | 6 | 21:23 | -2 | 28 |
| 9 |
|
Chemnitzer FC | 18 | 7 | 4 | 7 | 24:21 | 3 | 25 |
| 10 |
|
VfB Stuttgart II | 18 | 7 | 4 | 7 | 24:22 | 2 | 25 |
| 11 |
|
Kickers Offenbach | 18 | 7 | 5 | 6 | 29:22 | 7 | 24 |
| 12 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 18 | 3 | 12 | 3 | 24:23 | 1 | 21 |
| 13 |
|
1. FC Saarbrücken | 18 | 6 | 3 | 9 | 23:32 | -9 | 21 |
| 14 |
|
SV Babelsberg 03 | 18 | 5 | 4 | 9 | 15:25 | -10 | 19 |
| 15 |
|
Hallescher FC | 18 | 4 | 6 | 8 | 16:23 | -7 | 18 |
| 16 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 18 | 4 | 5 | 9 | 20:33 | -13 | 17 |
| 17 |
|
Borussia Dortmund II | 18 | 4 | 5 | 9 | 16:31 | -15 | 17 |
| 18 |
|
Stuttgarter Kickers | 18 | 4 | 4 | 10 | 18:22 | -4 | 16 |
| 19 |
|
SV Darmstadt 98 | 18 | 3 | 5 | 10 | 15:27 | -12 | 14 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 18 | 3 | 7 | 8 | 18:28 | -10 | 11 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
|
# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
