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| 30.11.2012 | 19:00 | SpVgg Unterhaching | - | SV Darmstadt 98 | 2:2 (0:1) | |
| 01.12.2012 | 14:00 | Alemannia Aachen | - | Arminia Bielefeld | 2:1 (0:0) | |
| 14:00 | Preußen Münster | - | Wacker Burghausen | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Borussia Dortmund II | - | VfL Osnabrück | 1:1 (0:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Saarbrücken | - | VfB Stuttgart II | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Kickers Offenbach | - | Hallescher FC | 0:1 (0:0) | ||
| 14:00 | Karlsruher SC | - | 1. FC Heidenheim 1846 | 5:2 (1:1) | ||
| 14:00 | Rot-Weiß Erfurt | - | SV Wehen Wiesbaden | 2:2 (1:1) | ||
| 14:00 | Stuttgarter Kickers | - | Hansa Rostock | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | SV Babelsberg 03 | - | Chemnitzer FC | 1:1 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
VfL Osnabrück | 20 | 12 | 5 | 3 | 28:13 | 15 | 41 |
| 2 |
|
Preußen Münster | 20 | 11 | 6 | 3 | 33:15 | 18 | 39 |
| 3 |
|
Karlsruher SC | 20 | 10 | 7 | 3 | 34:13 | 21 | 37 |
| 4 |
|
Arminia Bielefeld | 20 | 10 | 6 | 4 | 29:19 | 10 | 36 |
| 5 |
|
SpVgg Unterhaching | 20 | 10 | 6 | 4 | 35:26 | 9 | 36 |
| 6 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 20 | 9 | 4 | 7 | 34:31 | 3 | 31 |
| 7 |
|
VfB Stuttgart II | 20 | 8 | 5 | 7 | 26:22 | 4 | 29 |
| 8 |
|
Wacker Burghausen | 20 | 9 | 2 | 9 | 26:28 | -2 | 29 |
| 9 |
|
Hansa Rostock | 20 | 8 | 5 | 7 | 22:26 | -4 | 29 |
| 10 |
|
Chemnitzer FC | 20 | 7 | 5 | 8 | 28:26 | 2 | 26 |
| 11 |
|
1. FC Saarbrücken | 20 | 7 | 4 | 9 | 28:32 | -4 | 25 |
| 12 |
|
Kickers Offenbach | 20 | 7 | 5 | 8 | 29:24 | 5 | 24 |
| 13 |
|
SV Babelsberg 03 | 20 | 6 | 5 | 9 | 17:26 | -9 | 23 |
| 14 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 20 | 3 | 13 | 4 | 26:29 | -3 | 22 |
| 15 |
|
Hallescher FC | 20 | 5 | 6 | 9 | 17:28 | -11 | 21 |
| 16 |
|
Stuttgarter Kickers | 20 | 5 | 5 | 10 | 21:23 | -2 | 20 |
| 17 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 20 | 4 | 7 | 9 | 23:36 | -13 | 19 |
| 18 |
|
Borussia Dortmund II | 20 | 4 | 6 | 10 | 17:34 | -17 | 18 |
| 19 |
|
SV Darmstadt 98 | 20 | 3 | 7 | 10 | 18:30 | -12 | 16 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 20 | 4 | 7 | 9 | 20:30 | -10 | 14 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
|
# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
