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| 08.12.2012 | 14:00 | Hansa Rostock | - | SpVgg Unterhaching | 0:1 (0:0) | |
| 14:00 | Hallescher FC | - | Karlsruher SC | 0:2 (0:1) | ||
| 14:00 | VfL Osnabrück | - | 1. FC Saarbrücken | 3:0 (0:0) | ||
| 14:00 | Arminia Bielefeld | - | Borussia Dortmund II | 4:2 (1:2) | ||
| 09.12.2012 | 14:00 | Chemnitzer FC | - | Preußen Münster | 2:2 (2:0) | |
| 30.01.2013 | 18:30 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Rot-Weiß Erfurt | 2:1 (1:1) | |
| 19:00 | SV Wehen Wiesbaden | - | Stuttgarter Kickers | 0:2 (0:1) | ||
| 05.02.2013 | 18:30 | VfB Stuttgart II | - | Kickers Offenbach | 1:0 (0:0) | |
| 13.02.2013 | 19:00 | SV Darmstadt 98 | - | SV Babelsberg 03 | 0:0 (0:0) | |
| 23.03.2013 | 14:00 | Wacker Burghausen | - | Alemannia Aachen | 2:0 (2:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
VfL Osnabrück | 21 | 13 | 5 | 3 | 31:13 | 18 | 44 |
| 2 |
|
Karlsruher SC | 21 | 11 | 7 | 3 | 36:13 | 23 | 40 |
| 3 |
|
Preußen Münster | 21 | 11 | 7 | 3 | 35:17 | 18 | 40 |
| 4 |
|
Arminia Bielefeld | 21 | 11 | 6 | 4 | 33:21 | 12 | 39 |
| 5 |
|
SpVgg Unterhaching | 21 | 11 | 6 | 4 | 36:26 | 10 | 39 |
| 6 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 21 | 10 | 4 | 7 | 36:32 | 4 | 34 |
| 7 |
|
VfB Stuttgart II | 21 | 9 | 5 | 7 | 27:22 | 5 | 32 |
| 8 |
|
Wacker Burghausen | 21 | 10 | 2 | 9 | 28:28 | 0 | 32 |
| 9 |
|
Hansa Rostock | 21 | 8 | 5 | 8 | 22:27 | -5 | 29 |
| 10 |
|
Chemnitzer FC | 21 | 7 | 6 | 8 | 30:28 | 2 | 27 |
| 11 |
|
1. FC Saarbrücken | 21 | 7 | 4 | 10 | 28:35 | -7 | 25 |
| 12 |
|
Kickers Offenbach | 21 | 7 | 5 | 9 | 29:25 | 4 | 24 |
| 13 |
|
SV Babelsberg 03 | 21 | 6 | 6 | 9 | 17:26 | -9 | 24 |
| 14 |
|
Stuttgarter Kickers | 21 | 6 | 5 | 10 | 23:23 | 0 | 23 |
| 15 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 21 | 3 | 13 | 5 | 26:31 | -5 | 22 |
| 16 |
|
Hallescher FC | 21 | 5 | 6 | 10 | 17:30 | -13 | 21 |
| 17 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 21 | 4 | 7 | 10 | 24:38 | -14 | 19 |
| 18 |
|
Borussia Dortmund II | 21 | 4 | 6 | 11 | 19:38 | -19 | 18 |
| 19 |
|
SV Darmstadt 98 | 21 | 3 | 8 | 10 | 18:30 | -12 | 17 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 21 | 4 | 7 | 10 | 20:32 | -12 | 14 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
|
# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
