# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 25 14 8 3 46:16 30 50
2 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 25 15 5 5 42:20 22 50
3 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 25 14 7 4 42:24 18 49
4 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 25 13 8 4 41:20 21 47
5 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 25 14 4 7 47:36 11 46
6 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 25 11 7 7 38:33 5 40
7 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 25 11 4 10 33:33 0 37
8 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 25 10 6 9 29:28 1 36
9 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 25 9 8 8 35:31 4 35
10 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 25 5 15 5 29:31 -2 30
11 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 25 8 6 11 24:33 -9 30
12 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 25 7 7 11 23:34 -11 28
13 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 25 7 6 12 28:29 -1 27
14 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 25 7 6 12 21:33 -12 27
15 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 25 7 7 11 32:34 -2 26
16 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 25 7 5 13 34:46 -12 26
17 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 25 6 7 12 28:43 -15 25
18 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 25 4 10 11 24:43 -19 22
19 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 25 3 11 11 19:34 -15 20
20 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 25 5 9 11 23:37 -14 19
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.