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| 22.02.2013 | 18:30 | SV Wehen Wiesbaden | - | Hansa Rostock | 2:1 (1:1) | |
| 23.02.2013 | 14:00 | VfL Osnabrück | - | SV Babelsberg 03 | 1:0 (0:0) | |
| 14:00 | Arminia Bielefeld | - | SpVgg Unterhaching | 3:0 (2:0) | ||
| 14:00 | Alemannia Aachen | - | Stuttgarter Kickers | 3:0 (0:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Saarbrücken | - | Karlsruher SC | 0:0 (0:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | SV Darmstadt 98 | 3:0 (1:0) | ||
| 14:00 | Hallescher FC | - | Chemnitzer FC | 2:0 (0:0) | ||
| 26.03.2013 | 19:00 | Wacker Burghausen | - | Kickers Offenbach | 0:0 (0:0) | |
| 16.04.2013 | 18:00 | VfB Stuttgart II | - | Preußen Münster | 0:1 (0:0) | |
| 07.05.2013 | 18:00 | Borussia Dortmund II | - | Rot-Weiß Erfurt | 4:3 (1:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
VfL Osnabrück | 27 | 17 | 5 | 5 | 45:20 | 25 | 56 |
| 2 |
|
Karlsruher SC | 27 | 15 | 9 | 3 | 47:16 | 31 | 54 |
| 3 |
|
Preußen Münster | 27 | 15 | 8 | 4 | 44:20 | 24 | 53 |
| 4 |
|
Arminia Bielefeld | 27 | 15 | 8 | 4 | 46:25 | 21 | 53 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 27 | 15 | 4 | 8 | 51:38 | 13 | 49 |
| 6 |
|
SpVgg Unterhaching | 27 | 11 | 7 | 9 | 38:38 | 0 | 40 |
| 7 |
|
Chemnitzer FC | 27 | 10 | 8 | 9 | 37:34 | 3 | 38 |
| 8 |
|
Wacker Burghausen | 27 | 11 | 5 | 11 | 33:34 | -1 | 38 |
| 9 |
|
VfB Stuttgart II | 27 | 10 | 7 | 10 | 29:29 | 0 | 37 |
| 10 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 27 | 6 | 15 | 6 | 31:33 | -2 | 33 |
| 11 |
|
Hansa Rostock | 27 | 9 | 6 | 12 | 26:35 | -9 | 33 |
| 12 |
|
Hallescher FC | 27 | 8 | 7 | 12 | 25:36 | -11 | 31 |
| 13 |
|
Kickers Offenbach | 27 | 8 | 8 | 11 | 34:34 | 0 | 30 |
| 14 |
|
Stuttgarter Kickers | 27 | 7 | 7 | 13 | 29:33 | -4 | 28 |
| 15 |
|
SV Babelsberg 03 | 27 | 7 | 7 | 13 | 21:34 | -13 | 28 |
| 16 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 27 | 7 | 7 | 13 | 34:48 | -14 | 28 |
| 17 |
|
1. FC Saarbrücken | 27 | 7 | 6 | 14 | 34:48 | -14 | 27 |
| 18 |
|
Borussia Dortmund II | 27 | 5 | 10 | 12 | 28:47 | -19 | 25 |
| 19 |
|
SV Darmstadt 98 | 27 | 4 | 11 | 12 | 20:37 | -17 | 23 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 27 | 6 | 9 | 12 | 27:40 | -13 | 22 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
|
# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
