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| 19.04.2013 | 19:00 | SV Wehen Wiesbaden | - | Alemannia Aachen | 3:2 (2:1) | |
| 20.04.2013 | 14:00 | VfB Stuttgart II | - | Wacker Burghausen | 0:0 (0:0) | |
| 14:00 | Hallescher FC | - | VfL Osnabrück | 1:2 (1:1) | ||
| 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | Stuttgarter Kickers | 1:1 (0:1) | ||
| 14:00 | SV Babelsberg 03 | - | Rot-Weiß Erfurt | 1:1 (0:1) | ||
| 14:00 | Preußen Münster | - | Karlsruher SC | 2:1 (1:0) | ||
| 14:00 | Chemnitzer FC | - | Kickers Offenbach | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | SV Darmstadt 98 | - | 1. FC Saarbrücken | 1:2 (0:0) | ||
| 14:00 | Hansa Rostock | - | Borussia Dortmund II | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | 1. FC Heidenheim 1846 | - | Arminia Bielefeld | 3:0 (1:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
Karlsruher SC | 34 | 20 | 9 | 5 | 59:23 | 36 | 69 |
| 2 |
|
Preußen Münster | 34 | 19 | 11 | 4 | 58:27 | 31 | 68 |
| 3 |
|
Arminia Bielefeld | 34 | 19 | 10 | 5 | 55:30 | 25 | 67 |
| 4 |
|
VfL Osnabrück | 34 | 19 | 7 | 8 | 57:34 | 23 | 64 |
| 5 |
|
1. FC Heidenheim 1846 | 34 | 19 | 7 | 8 | 63:43 | 20 | 64 |
| 6 |
|
Chemnitzer FC | 34 | 14 | 9 | 11 | 48:40 | 8 | 51 |
| 7 |
|
SpVgg Unterhaching | 34 | 13 | 9 | 12 | 43:44 | -1 | 48 |
| 8 |
|
SV Wehen Wiesbaden | 34 | 9 | 18 | 7 | 44:44 | 0 | 45 |
| 9 |
|
1. FC Saarbrücken | 34 | 12 | 8 | 14 | 48:54 | -6 | 44 |
| 10 |
|
VfB Stuttgart II | 34 | 11 | 10 | 13 | 33:34 | -1 | 43 |
| 11 |
|
Wacker Burghausen | 34 | 11 | 9 | 14 | 37:43 | -6 | 42 |
| 12 |
|
Hansa Rostock | 34 | 11 | 7 | 16 | 35:48 | -13 | 40 |
| 13 |
|
Rot-Weiß Erfurt | 34 | 10 | 9 | 15 | 39:52 | -13 | 39 |
| 14 |
|
Hallescher FC | 34 | 10 | 9 | 15 | 31:45 | -14 | 39 |
| 15 |
|
Kickers Offenbach | 34 | 10 | 9 | 15 | 38:40 | -2 | 37 |
| 16 |
|
Borussia Dortmund II | 34 | 8 | 12 | 14 | 33:52 | -19 | 36 |
| 17 |
|
SV Babelsberg 03 | 34 | 8 | 10 | 16 | 27:43 | -16 | 34 |
| 18 |
|
Stuttgarter Kickers | 34 | 8 | 8 | 18 | 34:45 | -11 | 32 |
| 19 |
|
SV Darmstadt 98 | 34 | 6 | 13 | 15 | 25:42 | -17 | 31 |
| 20 |
|
Alemannia Aachen | 34 | 6 | 10 | 18 | 35:59 | -24 | 23 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Abstieg |
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# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen. # Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft. # Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart. |
