# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 6 5 1 0 8:2 6 16
2 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 6 4 0 2 7:4 3 12
3 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 6 3 2 1 5:1 4 11
4 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 6 3 2 1 5:2 3 11
5 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 6 2 4 0 2:0 2 10
6 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 6 3 1 2 4:3 1 10
7 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 6 2 3 1 5:3 2 9
8 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 6 2 2 2 4:3 1 8
9 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 6 1 5 0 1:0 1 8
10 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 6 2 2 2 3:3 0 8
  VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 6 2 2 2 3:3 0 8
12 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 6 2 2 2 2:3 -1 8
13 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 6 2 1 3 5:5 0 7
14 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 6 2 1 3 4:4 0 7
15 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 6 2 1 3 3:5 -2 7
16 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 6 2 1 3 2:5 -3 7
17 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 6 1 3 2 5:6 -1 6
18 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 6 1 1 4 2:5 -3 4
19 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 6 1 1 4 3:7 -4 4
20 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 6 0 1 5 0:9 -9 1
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.