# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 6 4 1 1 8:4 4 13
2 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 6 4 1 1 6:2 4 13
3 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 6 4 1 1 4:1 3 13
4 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 6 3 3 0 7:2 5 12
5 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 6 3 2 1 6:3 3 11
6 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 6 3 2 1 4:1 3 11
7 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 6 3 1 2 6:4 2 10
8 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 6 3 1 2 4:5 -1 10
9 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 6 2 3 1 4:2 2 9
10 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 6 2 2 2 5:5 0 8
11 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 6 2 2 2 3:3 0 8
12 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 6 2 2 2 4:5 -1 8
13 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 6 1 4 1 4:3 1 7
14 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 6 1 4 1 3:3 0 7
15 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 6 1 3 2 5:5 0 6
16 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 6 0 4 2 0:3 -3 4
17 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 6 1 1 4 4:9 -5 4
18 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 6 0 3 3 2:5 -3 3
19 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 6 0 2 4 1:6 -5 2
20 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 6 0 0 6 0:9 -9 0
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.