# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Arminia Bielefeld, Deutschland Arminia Bielefeld 9 6 2 1 17:8 9 20
2 SpVgg Unterhaching, Deutschland SpVgg Unterhaching 9 6 1 2 16:10 6 19
3 Preußen Münster, Deutschland Preußen Münster 9 5 3 1 16:7 9 18
4 1. FC Heidenheim 1846, Deutschland 1. FC Heidenheim 1846 9 5 2 2 18:13 5 17
5 VfL Osnabrück, Deutschland VfL Osnabrück 9 5 1 3 10:7 3 16
6 VfB Stuttgart II, Deutschland VfB Stuttgart II 9 4 2 3 12:9 3 14
7 Chemnitzer FC, Deutschland Chemnitzer FC 9 4 2 3 12:10 2 14
8 Hallescher FC, Deutschland Hallescher FC 9 3 4 2 8:6 2 13
9 Stuttgarter Kickers, Deutschland Stuttgarter Kickers 9 3 3 3 13:8 5 12
10 Hansa Rostock, Deutschland Hansa Rostock 9 3 3 3 12:15 -3 12
11 Karlsruher SC, Deutschland Karlsruher SC 9 2 5 2 10:7 3 11
12 1. FC Saarbrücken, Deutschland 1. FC Saarbrücken 9 3 1 5 11:14 -3 10
13 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 9 3 1 5 8:12 -4 10
14 Kickers Offenbach, Deutschland Kickers Offenbach 9 3 2 4 12:13 -1 9
15 SV Wehen Wiesbaden, Deutschland SV Wehen Wiesbaden 9 1 6 2 11:12 -1 9
16 Rot-Weiß Erfurt, Deutschland Rot-Weiß Erfurt 9 2 2 5 10:15 -5 8
17 SV Darmstadt 98, Deutschland SV Darmstadt 98 9 1 4 4 7:13 -6 7
18 SV Babelsberg 03, Deutschland SV Babelsberg 03 9 2 1 6 8:15 -7 7
19 Borussia Dortmund II, Deutschland Borussia Dortmund II 9 1 3 5 6:19 -13 6
20 Alemannia Aachen, Deutschland Alemannia Aachen 9 2 4 3 11:15 -4 5
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Abstieg

# Nach Beendigung der Saison werden Alemannia Aachen und Kickers Offenbach aufgrund von Verstößen im Rahmen des wirtschaftlichen Zulassungsverfahrens jeweils 2 Punkte abgezogen.

# Alemannia Aachen wurde zudem aufgrund der nicht fristgerechten Rückzahlung von 200.000 Euro aus dem DFB-Kautionsfond mit einem Abzug von weiteren drei Punkten bestraft.

# Kickers Offenbach wurde vom DFB die Lizenz für die Drittligasaison 2013/2014 verweigert. Dem SV Darmstadt 98 blieb infolgedessen der Abstieg in die Regionalliga erspart.