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| H | Port Autonome | - | USM Alger | 2:1 | ||
| R | USM Alger | - | Port Autonome | 3:2 | ||
| H: 17.03.2006 | R: 02.04.2006 | Sieger: Port Autonome | ||||
| H | ASC Diaraf | - | Enyimba Aba | 0:0 | ||
| R | Enyimba Aba | - | ASC Diaraf | 2:0 | ||
| H: 17.03.2006 | R: 02.04.2006 | Sieger: Enyimba Aba | ||||
| H | CS Sfaxien | - | DC Motema Pembe | 1:1 | ||
| R | DC Motema Pembe | - | CS Sfaxien | 0:1 | ||
| H: 17.03.2006 | R: 02.04.2006 | Sieger: CS Sfaxien | ||||
| H | FC St. Eloi Lupopo | - | Coton Sport Garoua | 2:0 | ||
| R | Coton Sport Garoua | - | FC St. Eloi Lupopo | 0:0 | ||
| H: 18.03.2006 | R: 02.04.2006 | Sieger: FC St. Eloi Lupopo | ||||
| H | APR FC | - | FAR de Rabat | 2:1 | ||
| R | FAR de Rabat | - | APR FC | 1:0 | ||
| H: 18.03.2006 | R: 01.04.2006 18:00 | Sieger: FAR de Rabat | ||||
| H | AS Polisi | - | Étoile du Sahel | 0:2 | ||
| R | Étoile du Sahel | - | AS Polisi | 3:0 | ||
| H: 18.03.2006 | R: 01.04.2006 | Sieger: Étoile du Sahel | ||||
| H | Zanaco FC | - | JS Kabylie | 1:0 | ||
| R | JS Kabylie | - | Zanaco FC | 3:0 | ||
| H: 18.03.2006 | R: 31.03.2006 | Sieger: JS Kabylie | ||||
| H | Tusker FC | - | Al Ahly SC | 0:2 | ||
| R | Al Ahly SC | - | Tusker FC | 3:0 | ||
| H: 18.03.2006 | R: 31.03.2006 | Sieger: Al Ahly SC | ||||
| H | Stade Malien | - | Renacimiento FC | 2:1 | ||
| R | Renacimiento FC | - | Stade Malien | 1:0 | ||
| H: 19.03.2006 | R: 02.04.2006 | Sieger: Renacimiento FC | ||||
| H | ASEC Mimosas | - | Civics FC | 3:0 | ||
| R | Civics FC | - | ASEC Mimosas | 0:1 | ||
| H: 19.03.2006 | R: 02.04.2006 | Sieger: ASEC Mimosas | ||||
| H | AS Port Louis 2000 | - | Orlando Pirates | 0:5 | ||
| R | Orlando Pirates | - | AS Port Louis 2000 | 4:0 | ||
| H: 19.03.2006 | R: 01.04.2006 | Sieger: Orlando Pirates | ||||
| H | Enugu Rangers | - | Al Hilal Omdurman | 1:0 | ||
| R | Al Hilal Omdurman | - | Enugu Rangers | 4:0 | ||
| H: 19.03.2006 | R: 31.03.2006 | Sieger: Al Hilal Omdurman | ||||
| H | Clube Ferroviário Maputo | - | Asante Kotoko | 0:0 | ||
| R | Asante Kotoko | - | Clube Ferroviário Maputo | 2:1 | ||
| H: 19.03.2006 | R: 02.04.2006 | Sieger: Asante Kotoko | ||||
| H | Uscafoot Analamanga | - | Mamelodi Sundowns | 1:1 | ||
| R | Mamelodi Sundowns | - | Uscafoot Analamanga | 2:2 | ||
| H: 19.03.2006 | R: 02.04.2006 | Sieger: Uscafoot Analamanga | ||||
| H | St. George SC | - | Hearts of Oak | 4:0 | ||
| R | Hearts of Oak | - | St. George SC | n.gesp. | ||
| H: 19.03.2006 | R: 02.04.2006 | Sieger: St. George SC | ||||
| H | Raja Casablanca | - | Inter Star | 7:0 | ||
| R | Inter Star | - | Raja Casablanca | 2:1 | ||
| H: 01.04.2006 19:00 | R: 09.04.2006 | Sieger: Raja Casablanca | ||||
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# CAPS United wurde vom Wettbewerb ausgeschlossen, da sie 2 nicht berechtigte Spieler auflaufen ließen. Der CAF beschloss daraufhin, die in der 1. Runde unterlegene Mannschaft von Inter Stars gegen Raja Casablanca spielen zu lassen. |
