# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Flora, Estland FC Flora 18 15 3 0 52:7 45 48
2 FC Levadia, Estland FC Levadia 18 13 5 0 48:9 39 44
3 JK Nõmme Kalju, Estland JK Nõmme Kalju 18 12 3 3 49:16 33 39
4 FC Infonet, Estland FC Infonet 18 9 3 6 48:21 27 30
5 JK Narva Trans, Estland JK Narva Trans 18 7 4 7 27:26 1 25
6 JK Tammeka, Estland JK Tammeka 18 4 6 8 18:30 -12 18
7 JK Sillamäe Kalev, Estland JK Sillamäe Kalev 18 4 4 10 19:38 -19 16
8 Paide Linnameeskond, Estland Paide Linnameeskond 18 4 4 10 21:43 -22 16
9 Tulevik Viljandi, Estland Tulevik Viljandi 18 3 1 14 11:49 -38 10
10 Pärnu JK Vaprus, Estland Pärnu JK Vaprus 18 2 1 15 15:69 -54 7
  Champions League Quali.
  Abstieg

# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus.

# JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest.