# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Flora, Estland FC Flora 20 16 4 0 58:12 46 52
2 FC Levadia, Estland FC Levadia 20 14 6 0 53:12 41 48
3 JK Nõmme Kalju, Estland JK Nõmme Kalju 20 14 3 3 57:17 40 45
4 FC Infonet, Estland FC Infonet 20 11 3 6 59:23 36 36
5 JK Narva Trans, Estland JK Narva Trans 20 7 4 9 27:31 -4 25
6 JK Sillamäe Kalev, Estland JK Sillamäe Kalev 20 6 4 10 25:38 -13 22
7 JK Tammeka, Estland JK Tammeka 20 4 6 10 21:37 -16 18
8 Paide Linnameeskond, Estland Paide Linnameeskond 20 4 5 11 22:47 -25 17
9 Tulevik Viljandi, Estland Tulevik Viljandi 20 3 1 16 12:57 -45 10
10 Pärnu JK Vaprus, Estland Pärnu JK Vaprus 20 2 2 16 17:77 -60 8
  Champions League Quali.
  Abstieg

# Pärnu Linnameskond wurde am 11. Januar 2017 aufgelöst. Die Erstligalizenz ging an Pärnu JK Vaprus.

# JK Sillamäe Kalev steht am Ende der Saison 2017 als einziger Absteiger durch Lizenzentzug fest.