H FK Rabotnički - FK Budućnost Podgorica 1:1 (0:1)
R FK Budućnost Podgorica - FK Rabotnički 1:0 (1:0)
H: 28.06.2016 18:00 R: 07.07.2016 19:00 Sieger: FK Budućnost Podgorica
H FK Partizani - Slovan Bratislava 0:0 (0:0)
R Slovan Bratislava - FK Partizani n.gesp.
H: 28.06.2016 18:00 R: 07.07.2016
H FK Kapaz - Dacia Chişinău 0:0 (0:0)
R Dacia Chişinău - FK Kapaz 0:1 (0:0)
H: 28.06.2016 18:00 R: 07.07.2016 17:00 Sieger: FK Kapaz
H St Patrick's Athletic - Jeunesse Esch 1:0 (1:0)
R Jeunesse Esch - St Patrick's Athletic 2:1 (1:0)
H: 28.06.2016 20:45 R: 05.07.2016 18:45 Sieger: St Patrick's Athletic
H Dila Gori - Shirak FC 1:0 (1:0)
R Shirak FC - Dila Gori 4:1 (0:0, 1:0, 1:0) i.E.
H: 30.06.2016 16:00 R: 07.07.2016 15:00 Sieger: Shirak FC
H FK Aktobe - MTK Budapest 1:1 (1:1)
R MTK Budapest - FK Aktobe 2:0 (1:0)
H: 30.06.2016 16:00 R: 07.07.2016 18:00 Sieger: MTK Budapest
H UE Santa Coloma - Lokomotiva Zagreb 1:3 (0:1)
R Lokomotiva Zagreb - UE Santa Coloma 4:1 (2:0)
H: 30.06.2016 17:00 R: 07.07.2016 18:00 Sieger: Lokomotiva Zagreb
H FK Ventspils - Víkingur 2:0 (2:0)
R Víkingur - FK Ventspils 0:2 (0:0)
H: 30.06.2016 17:00 R: 07.07.2016 20:00 Sieger: FK Ventspils
H FC Admira Wacker - Spartak Myjava 1:1 (1:0)
R Spartak Myjava - FC Admira Wacker 2:3 (1:2)
H: 30.06.2016 17:00 R: 07.07.2016 17:00 Sieger: FC Admira Wacker
H FK Bokelj - Vojvodina 1:1 (1:1)
R Vojvodina - FK Bokelj 5:0 (2:0)
H: 30.06.2016 17:30 R: 07.07.2016 20:00 Sieger: Vojvodina
H FC Levadia - HB Tórshavn 1:1 (0:1)
R HB Tórshavn - FC Levadia 0:2 (0:0)
H: 30.06.2016 18:00 R: 07.07.2016 19:00 Sieger: FC Levadia
H Videoton FC - FC Zaria 3:0 (1:0)
R FC Zaria - Videoton FC 2:0 (2:0)
H: 30.06.2016 18:00 R: 07.07.2016 19:00 Sieger: Videoton FC
H FK Atlantas - HJK Helsinki 0:2 (0:0)
R HJK Helsinki - FK Atlantas 1:1 (1:0)
H: 30.06.2016 18:00 R: 07.07.2016 18:00 Sieger: HJK Helsinki
H Sloboda Tuzla - Beitar Jerusalem 0:0 (0:0)
R Beitar Jerusalem - Sloboda Tuzla 1:0 (0:0)
H: 30.06.2016 18:00 R: 07.07.2016 18:45 Sieger: Beitar Jerusalem
H FK Trakai - JK Nõmme Kalju 2:1 (0:1)
R JK Nõmme Kalju - FK Trakai 4:1 (0:1)
H: 30.06.2016 18:00 R: 07.07.2016 18:00 Sieger: JK Nõmme Kalju
H Balzan FC - Neftçi PFK 0:2 (0:1)
R Neftçi PFK - Balzan FC 1:2 (1:0)
H: 30.06.2016 18:00 R: 07.07.2016 18:00 Sieger: Neftçi PFK
H Dinamo Minsk - FK Spartaks 2:1 (1:0)
R FK Spartaks - Dinamo Minsk 0:2 (0:1)
H: 30.06.2016 18:00 R: 07.07.2016 18:00 Sieger: Dinamo Minsk
H FC Banants - Omonia Nikosia 0:1 (0:1)
R Omonia Nikosia - FC Banants 4:1 (0:0, 0:1) n.V.
H: 30.06.2016 18:00 R: 07.07.2016 18:30 Sieger: Omonia Nikosia
H IFK Göteborg - Llandudno FC 5:0 (3:0)
R Llandudno FC - IFK Göteborg 1:2 (0:1)
H: 30.06.2016 18:30 R: 07.07.2016 20:00 Sieger: IFK Göteborg
H AIK Solna - Bala Town 2:0 (1:0)
R Bala Town - AIK Solna 0:2 (0:2)
H: 30.06.2016 18:30 R: 07.07.2016 19:30 Sieger: AIK Solna
H Europa FC - Pyunik FC 2:0 (2:0)
R Pyunik FC - Europa FC 2:1 (1:1)
H: 30.06.2016 18:30 R: 07.07.2016 17:00 Sieger: Europa FC
H Slavia Sofia - Zagłębie Lubin 1:0 (0:0)
R Zagłębie Lubin - Slavia Sofia 3:0 (1:0)
H: 30.06.2016 18:30 R: 07.07.2016 18:00 Sieger: Zagłębie Lubin
H FC Midtjylland - FK Sūduva 1:0 (0:0)
R FK Sūduva - FC Midtjylland 0:1 (0:1)
H: 30.06.2016 19:00 R: 07.07.2016 19:00 Sieger: FC Midtjylland
H FC Zimbru - Chikhura Sachkhere 0:1 (0:1)
R Chikhura Sachkhere - FC Zimbru 2:3 (1:1)
H: 30.06.2016 19:00 R: 05.07.2016 18:00 Sieger: FC Zimbru
H AEK Larnaca - SS Folgore/Falciano 3:0 (3:0)
R SS Folgore/Falciano - AEK Larnaca 1:3 (1:0)
H: 30.06.2016 19:00 R: 07.07.2016 20:30 Sieger: AEK Larnaca
H FK Kukësi - FK Rudar Pljevlja 1:1 (1:0)
R FK Rudar Pljevlja - FK Kukësi 0:1 (0:0)
H: 30.06.2016 19:00 R: 07.07.2016 17:30 Sieger: FK Kukësi
H FC Vaduz - Sileks Kratovo 3:1 (2:0)
R Sileks Kratovo - FC Vaduz 1:2 (1:0)
H: 30.06.2016 19:00 R: 07.07.2016 20:00 Sieger: FC Vaduz
H FC Differdange 03 - Cliftonville FC 1:1 (1:0)
R Cliftonville FC - FC Differdange 03 2:0 (1:0)
H: 30.06.2016 19:00 R: 07.07.2016 20:45 Sieger: Cliftonville FC
H Odds BK - IFK Mariehamn 2:0 (0:0)
R IFK Mariehamn - Odds BK 1:1 (1:0)
H: 30.06.2016 19:00 R: 07.07.2016 18:00 Sieger: Odds BK
H Široki Brijeg - Birkirkara FC 1:1 (1:1)
R Birkirkara FC - Široki Brijeg 2:0 (1:0)
H: 30.06.2016 19:00 R: 05.07.2016 17:45 Sieger: Birkirkara FC
H Gabala FK - FC Samtredia 5:1 (3:0)
R FC Samtredia - Gabala FK 2:1 (1:1)
H: 30.06.2016 19:00 R: 07.07.2016 17:00 Sieger: Gabala FK
H Maccabi Tel Aviv - ND Gorica 3:0 (2:0)
R ND Gorica - Maccabi Tel Aviv 0:1 (0:1)
H: 30.06.2016 19:15 R: 07.07.2016 18:30 Sieger: Maccabi Tel Aviv
H PFC Beroe - Radnik Bijeljina 0:0 (0:0)
R Radnik Bijeljina - PFC Beroe 0:2 (0:0)
H: 30.06.2016 19:30 R: 07.07.2016 18:00 Sieger: PFC Beroe
H NK Domžale - FC Lusitanos 3:1 (3:1)
R FC Lusitanos - NK Domžale 1:2 (1:2)
H: 30.06.2016 20:00 R: 07.07.2016 20:30 Sieger: NK Domžale
H NSÍ Runavík - Shakhter Soligorsk 0:2 (0:1)
R Shakhter Soligorsk - NSÍ Runavík 5:0 (2:0)
H: 30.06.2016 20:00 R: 07.07.2016 20:00 Sieger: Shakhter Soligorsk
H KF Teuta Durrës - FK Kairat 0:1 (0:0)
R FK Kairat - KF Teuta Durrës 5:0 (2:0)
H: 30.06.2016 20:00 R: 07.07.2016 16:45 Sieger: FK Kairat
H Connah's Quay Nomads - Stabæk IF 0:0 (0:0)
R Stabæk IF - Connah's Quay Nomads 0:1 (0:1)
H: 30.06.2016 20:15 R: 07.07.2016 19:00 Sieger: Connah's Quay Nomads
H Spartak Trnava - Hibernians FC 3:0 (2:0)
R Hibernians FC - Spartak Trnava 0:3 (0:1)
H: 30.06.2016 20:15 R: 07.07.2016 20:00 Sieger: Spartak Trnava
H SP La Fiorita - Debreceni VSC 0:5 (0:2)
R Debreceni VSC - SP La Fiorita 2:0 (1:0)
H: 30.06.2016 20:30 R: 07.07.2016 18:00 Sieger: Debreceni VSC
H FK Čukarički - FK Ordabasy 3:0 (0:0)
R FK Ordabasy - FK Čukarički 3:3 (1:3)
H: 30.06.2016 20:30 R: 07.07.2016 14:00 Sieger: FK Čukarički
H Aberdeen FC - CS FOLA Esch 3:1 (0:0)
R CS FOLA Esch - Aberdeen FC 1:0 (1:0)
H: 30.06.2016 20:45 R: 07.07.2016 18:30 Sieger: Aberdeen FC
H Linfield FC - Cork City 0:1 (0:0)
R Cork City - Linfield FC 1:1 (0:0)
H: 30.06.2016 20:45 R: 07.07.2016 20:45 Sieger: Cork City
H Shamrock Rovers - Rovaniemi PS 0:2 (0:1)
R Rovaniemi PS - Shamrock Rovers 1:1 (1:1)
H: 30.06.2016 21:00 R: 07.07.2016 18:00 Sieger: Rovaniemi PS
H Heart of Midlothian - FC Infonet 2:1 (2:1)
R FC Infonet - Heart of Midlothian 2:4 (0:3)
H: 30.06.2016 21:00 R: 06.07.2016 17:45 Sieger: Heart of Midlothian
H KF Shkëndija 79 - KS Cracovia 2:0 (1:0)
R KS Cracovia - KF Shkëndija 79 1:2 (0:1)
H: 30.06.2016 21:00 R: 07.07.2016 20:00 Sieger: KF Shkëndija 79
H Breiðablik - FK Jelgava 2:3 (1:3)
R FK Jelgava - Breiðablik 2:2 (1:2)
H: 30.06.2016 21:15 R: 07.07.2016 17:30 Sieger: FK Jelgava
H KR Reykjavík - Glenavon FC 2:1 (1:1)
R Glenavon FC - KR Reykjavík 0:6 (0:2)
H: 30.06.2016 21:15 R: 07.07.2016 20:45 Sieger: KR Reykjavík
H Valur Reykjavík - Brøndby IF 1:4 (0:0)
R Brøndby IF - Valur Reykjavík 6:0 (3:0)
H: 30.06.2016 23:00 R: 07.07.2016 18:30 Sieger: Brøndby IF

# Nach dem Ausschluss des albanischen Meisters Skёnderbeu aus der Champions-League-Qualifikation rückte Vizemeister Partizani in diesen Wettbewerb auf. Das Rückspiel der EL-Qualifikation zwischen Slovan Bratislava und Partizani wurde deshalb nicht mehr ausgespielt, Slovan rückte direkt in die zweite Runde auf.