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| H | AO Trikala | - | Asteras Tripolis | 0:2 (0:1) | ||
| R | Asteras Tripolis | - | AO Trikala | 1:0 (1:0) | ||
| H: 10.01.2017 16:15 | R: 25.01.2017 16:15 | Sieger: Asteras Tripolis | ||||
| H | Panetolikos | - | PAOK Saloniki | 0:2 (0:0) | ||
| R | PAOK Saloniki | - | Panetolikos | 4:1 (2:0) | ||
| H: 11.01.2017 16:15 | R: 26.01.2017 18:30 | Sieger: PAOK Saloniki | ||||
| H | Panathinaikos | - | Kissamikos | 3:0 (0:0) | ||
| R | Kissamikos | - | Panathinaikos | 0:4 (0:1) | ||
| H: 12.01.2017 18:30 | R: 01.02.2017 14:00 | Sieger: Panathinaikos | ||||
| H | Xanthi FC | - | OFI Heraklion | 1:0 (1:0) | ||
| R | OFI Heraklion | - | Xanthi FC | 2:1 (1:0) | ||
| H: 24.01.2017 16:15 | R: 31.01.2017 15:00 | Sieger: Xanthi FC | ||||
| H | Levadiakos | - | AEK Athen | 0:1 (0:0) | ||
| R | AEK Athen | - | Levadiakos | 6:0 (2:0) | ||
| H: 25.01.2017 14:00 | R: 01.02.2017 18:30 | Sieger: AEK Athen | ||||
| H | Lamia | - | Atromitos | 2:2 (2:2) | ||
| R | Atromitos | - | Lamia | 2:0 (2:0) | ||
| H: 25.01.2017 16:15 | R: 01.02.2017 16:15 | Sieger: Atromitos | ||||
| H | Aris Saloniki | - | Olympiakos Piraeus | 1:1 (1:0) | ||
| R | Olympiakos Piraeus | - | Aris Saloniki | 2:0 (0:0) | ||
| H: 25.01.2017 18:30 | R: 02.02.2017 18:30 | Sieger: Olympiakos Piraeus | ||||
| H | Platanias Chanion | - | PAS Giannina | 1:0 (0:0) | ||
| R | PAS Giannina | - | Platanias Chanion | 1:2 (0:0, 1:0) n.V. | ||
| H: 26.01.2017 16:15 | R: 01.02.2017 16:15 | Sieger: Platanias Chanion | ||||
