# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 1. FC Lok Leipzig, Deutschland 1. FC Lok Leipzig 18 14 4 0 48:9 39 46
2 Inter Leipzig, Deutschland Inter Leipzig 18 11 4 3 42:18 24 37
3 Energie Cottbus II, Deutschland Energie Cottbus II 18 11 1 6 42:32 10 34
4 SSV Markranstädt, Deutschland SSV Markranstädt 18 10 3 5 35:23 12 33
5 Bischofswerdaer FV, Deutschland Bischofswerdaer FV 18 9 6 3 32:20 12 33
6 FC Carl Zeiss Jena II, Deutschland FC Carl Zeiss Jena II 18 9 3 6 43:27 16 30
7 VfL Halle 96, Deutschland VfL Halle 96 18 8 3 7 43:26 17 27
8 FC Einheit Rudolstadt, Deutschland FC Einheit Rudolstadt 18 7 6 5 26:19 7 27
9 Union Sandersdorf, Deutschland Union Sandersdorf 18 7 4 7 32:29 3 25
10 FSV Barleben, Deutschland FSV Barleben 18 6 4 8 26:31 -5 22
11 VFC Plauen, Deutschland VFC Plauen 18 6 4 8 29:41 -12 22
12 Askania Bernburg, Deutschland Askania Bernburg 18 5 5 8 22:28 -6 20
13 SV SCHOTT Jena, Deutschland SV SCHOTT Jena 18 5 1 12 24:47 -23 16
14 Rot-Weiß Erfurt II, Deutschland Rot-Weiß Erfurt II 18 3 6 9 19:36 -17 15
15 BSG Wismut Gera, Deutschland BSG Wismut Gera 18 2 4 12 19:46 -27 10
16 FC Eisenach, Deutschland FC Eisenach 18 1 2 15 12:62 -50 5
  Aufstieg
  Abstieg

# Rot-Weiß Erfurt II und Energie Cottbus II wurden zum Saisonende zurückgezogen. Dadurch verringerte sich die Zahl der sportlichen Absteiger.

# Der FC Eisenach beantragte für die Saison 2016/2017 keine Oberligalizenz