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| 09.09.2016 | 19:00 | TSV 1860 Rosenheim | - | FC Augsburg II | 3:0 (0:0) | |
| 19:00 | TSV 1860 München II | - | SV Schalding-Heining | 2:0 (1:0) | ||
| 19:30 | FC Memmingen | - | SpVgg Greuther Fürth II | 1:1 (0:0) | ||
| 10.09.2016 | 13:00 | VfR Garching | - | Bayern München II | 1:0 (0:0) | |
| 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | FV Illertissen | 5:0 (4:0) | ||
| 14:00 | Wacker Burghausen | - | SpVgg Bayern Hof | 2:2 (2:0) | ||
| 14:00 | SpVgg Bayreuth | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 0:2 (0:1) | ||
| 17:00 | TSV Buchbach | - | SV Seligenporten | 0:0 (0:0) | ||
| 11.09.2016 | 14:00 | FC Ingolstadt 04 II | - | 1. FC Nürnberg II | 0:3 (0:2) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Unterhaching | 10 | 9 | 1 | 0 | 32:7 | 25 | 28 |
| 2 |
|
Bayern München II | 10 | 5 | 4 | 1 | 16:10 | 6 | 19 |
| 3 |
|
1. FC Nürnberg II | 10 | 5 | 2 | 3 | 23:17 | 6 | 17 |
| 4 |
|
1. FC Schweinfurt 05 | 10 | 5 | 2 | 3 | 16:17 | -1 | 17 |
| 5 |
|
FC Augsburg II | 10 | 4 | 4 | 2 | 23:12 | 11 | 16 |
| 6 |
|
VfR Garching | 10 | 5 | 1 | 4 | 18:18 | 0 | 16 |
| 7 |
|
FV Illertissen | 10 | 4 | 2 | 4 | 15:15 | 0 | 14 |
| 8 |
|
FC Memmingen | 10 | 3 | 4 | 3 | 18:13 | 5 | 13 |
| 9 |
|
TSV 1860 Rosenheim | 10 | 4 | 1 | 5 | 9:11 | -2 | 13 |
| 10 |
|
SpVgg Greuther Fürth II | 10 | 3 | 3 | 4 | 15:13 | 2 | 12 |
| 11 |
|
SpVgg Bayreuth | 10 | 3 | 3 | 4 | 15:19 | -4 | 12 |
| 12 |
|
Wacker Burghausen | 10 | 2 | 4 | 4 | 15:20 | -5 | 10 |
| 13 |
|
SV Seligenporten | 10 | 3 | 1 | 6 | 13:32 | -19 | 10 |
| 14 |
|
TSV Buchbach | 10 | 2 | 3 | 5 | 13:18 | -5 | 9 |
| 15 |
|
SV Schalding-Heining | 10 | 1 | 5 | 4 | 13:16 | -3 | 8 |
| 16 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 10 | 1 | 5 | 4 | 13:20 | -7 | 8 |
| 17 |
|
SpVgg Bayern Hof | 10 | 1 | 1 | 8 | 14:28 | -14 | 4 |
| 18 |
|
TSV 1860 München II | 10 | 6 | 2 | 2 | 0:0 | -5 | -43 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
