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| 23.09.2016 | 19:00 | TSV Buchbach | - | SpVgg Bayern Hof | 3:0 (2:0) | |
| 19:00 | TSV 1860 Rosenheim | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 4:2 (2:0) | ||
| 19:30 | FC Memmingen | - | FC Augsburg II | 2:2 (2:1) | ||
| 24.09.2016 | 13:00 | VfR Garching | - | SV Schalding-Heining | 3:1 (2:0) | |
| 14:00 | SpVgg Unterhaching | - | Wacker Burghausen | 2:0 (0:0) | ||
| 14:00 | SpVgg Greuther Fürth II | - | Bayern München II | 1:1 (0:0) | ||
| 14:00 | TSV 1860 München II | - | 1. FC Nürnberg II | 1:4 (1:2) | ||
| 14:00 | SpVgg Bayreuth | - | FV Illertissen | 4:0 (2:0) | ||
| 15:30 | FC Ingolstadt 04 II | - | SV Seligenporten | 2:1 (0:0) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Unterhaching | 12 | 10 | 2 | 0 | 34:7 | 27 | 32 |
| 2 |
|
Bayern München II | 12 | 6 | 5 | 1 | 19:12 | 7 | 23 |
| 3 |
|
1. FC Nürnberg II | 12 | 6 | 2 | 4 | 27:23 | 4 | 20 |
| 4 |
|
VfR Garching | 12 | 6 | 2 | 4 | 22:20 | 2 | 20 |
| 5 |
|
FC Augsburg II | 12 | 4 | 6 | 2 | 26:15 | 11 | 18 |
| 6 |
|
SpVgg Bayreuth | 12 | 5 | 3 | 4 | 24:19 | 5 | 18 |
| 7 |
|
1. FC Schweinfurt 05 | 12 | 5 | 2 | 5 | 19:23 | -4 | 17 |
| 8 |
|
SpVgg Greuther Fürth II | 12 | 4 | 4 | 4 | 18:15 | 3 | 16 |
| 9 |
|
TSV 1860 Rosenheim | 12 | 5 | 1 | 6 | 13:16 | -3 | 16 |
| 10 |
|
FC Memmingen | 12 | 3 | 5 | 4 | 21:17 | 4 | 14 |
| 11 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 12 | 3 | 5 | 4 | 20:23 | -3 | 14 |
| 12 |
|
FV Illertissen | 12 | 4 | 2 | 6 | 17:24 | -7 | 14 |
| 13 |
|
Wacker Burghausen | 12 | 3 | 4 | 5 | 18:22 | -4 | 13 |
| 14 |
|
TSV Buchbach | 12 | 3 | 3 | 6 | 16:21 | -5 | 12 |
| 15 |
|
SV Schalding-Heining | 12 | 2 | 5 | 5 | 17:19 | -2 | 11 |
| 16 |
|
SV Seligenporten | 12 | 3 | 2 | 7 | 14:34 | -20 | 11 |
| 17 |
|
SpVgg Bayern Hof | 12 | 1 | 1 | 10 | 15:33 | -18 | 4 |
| 18 |
|
TSV 1860 München II | 12 | 7 | 2 | 3 | 0:0 | -7 | -40 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
