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| 11.11.2016 | 19:00 | Bayern München II | - | SV Seligenporten | 2:0 (1:0) | |
| 12.11.2016 | 14:00 | TSV 1860 Rosenheim | - | FC Ingolstadt 04 II | 3:3 (1:3) | |
| 14:00 | FC Memmingen | - | TSV Buchbach | 4:0 (2:0) | ||
| 14:00 | SpVgg Greuther Fürth II | - | Wacker Burghausen | 1:0 (1:0) | ||
| 14:00 | FC Augsburg II | - | FV Illertissen | 2:0 (1:0) | ||
| 14:00 | SV Schalding-Heining | - | 1. FC Nürnberg II | 4:3 (1:2) | ||
| 14:00 | TSV 1860 München II | - | SpVgg Bayreuth | 1:1 (1:1) | ||
| 13.11.2016 | 14:00 | VfR Garching | - | SpVgg Unterhaching | 1:8 (0:5) | |
| 02.05.2017 | 18:30 | SpVgg Bayern Hof | - | 1. FC Schweinfurt 05 | 3:4 (2:1) |
| » Tabelle | Heim | Auswärts | Hinrunde | Rückrunde | 1. Halbzeit | 2. Halbzeit |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
SpVgg Unterhaching | 19 | 16 | 3 | 0 | 62:10 | 52 | 51 |
| 2 |
|
FC Augsburg II | 19 | 9 | 8 | 2 | 43:19 | 24 | 35 |
| 3 |
|
Bayern München II | 19 | 9 | 8 | 2 | 29:19 | 10 | 35 |
| 4 |
|
VfR Garching | 19 | 10 | 2 | 7 | 38:40 | -2 | 32 |
| 5 |
|
1. FC Nürnberg II | 19 | 8 | 5 | 6 | 43:41 | 2 | 29 |
| 6 |
|
FC Memmingen | 19 | 7 | 6 | 6 | 37:27 | 10 | 27 |
| 7 |
|
1. FC Schweinfurt 05 | 19 | 8 | 3 | 8 | 36:34 | 2 | 27 |
| 8 |
|
Wacker Burghausen | 19 | 7 | 5 | 7 | 28:28 | 0 | 26 |
| 9 |
|
FV Illertissen | 19 | 8 | 2 | 9 | 25:31 | -6 | 26 |
| 10 |
|
SpVgg Bayreuth | 19 | 7 | 4 | 8 | 34:33 | 1 | 25 |
| 11 |
|
SpVgg Greuther Fürth II | 19 | 6 | 4 | 9 | 25:27 | -2 | 22 |
| 12 |
|
FC Ingolstadt 04 II | 19 | 4 | 9 | 6 | 28:35 | -7 | 21 |
| 13 |
|
TSV 1860 Rosenheim | 19 | 5 | 4 | 10 | 21:31 | -10 | 19 |
| 14 |
|
SV Seligenporten | 19 | 5 | 4 | 10 | 26:47 | -21 | 19 |
| 15 |
|
TSV Buchbach | 19 | 5 | 3 | 11 | 24:41 | -17 | 18 |
| 16 |
|
SV Schalding-Heining | 19 | 3 | 7 | 9 | 27:40 | -13 | 16 |
| 17 |
|
SpVgg Bayern Hof | 19 | 2 | 3 | 14 | 22:49 | -27 | 9 |
| 18 |
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TSV 1860 München II | 19 | 9 | 6 | 4 | 0:0 | -6 | -30 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Der TSV 1860 München II steigt gemäß den Statuten des Verbands automatisch in die Bayernliga ab, da die Profimannschaft des Vereins aus der 2. Bundesliga absteigt. Der SV Seligenporten vermeidet damit den direkten Abstieg und spielt in der Relegation, Schalding-Heining ist gerettet. |
