1. Spieltag 25.07.2009 Werder Bremen II - Rot-Weiß Erfurt 0:0
2. Spieltag 28.07.2009 VfL Osnabrück - Werder Bremen II 1:0
3. Spieltag 07.08.2009 Werder Bremen II - Borussia Dortmund II 1:0
4. Spieltag 15.08.2009 Holstein Kiel - Werder Bremen II 4:0
5. Spieltag 22.08.2009 Werder Bremen II - Wacker Burghausen 3:4
9. Spieltag 12.09.2009 FC Ingolstadt 04 - Werder Bremen II 4:1
10. Spieltag 19.09.2009 Werder Bremen II - SpVgg Unterhaching 3:1
11. Spieltag 26.09.2009 FC Carl Zeiss Jena - Werder Bremen II 2:2 gelbe Karte
12. Spieltag 03.10.2009 Werder Bremen II - Dynamo Dresden 2:0
13. Spieltag 17.10.2009 1. FC Heidenheim 1846 - Werder Bremen II 1:2
14. Spieltag 24.10.2009 Werder Bremen II - Wuppertaler SV 0:1
15. Spieltag 30.10.2009 VfB Stuttgart II - Werder Bremen II 0:1 gelbe Karte
16. Spieltag 07.11.2009 Werder Bremen II - SV Wehen Wiesbaden 5:0 gelbe Karte
17. Spieltag 21.11.2009 SV Sandhausen - Werder Bremen II 2:2 gelbe Karte
18. Spieltag 29.11.2009 Werder Bremen II - Bayern München II 0:3
19. Spieltag 05.12.2009 Erzgebirge Aue - Werder Bremen II 2:1
22. Spieltag 10.03.2010 Borussia Dortmund II - Werder Bremen II 1:2
21. Spieltag 16.03.2010 Werder Bremen II - VfL Osnabrück 0:1
29. Spieltag 21.03.2010 SpVgg Unterhaching - Werder Bremen II 0:1
24. Spieltag 24.03.2010 Wacker Burghausen - Werder Bremen II 1:1
30. Spieltag 28.03.2010 Werder Bremen II - FC Carl Zeiss Jena 1:2
31. Spieltag 31.03.2010 Dynamo Dresden - Werder Bremen II 1:0
32. Spieltag 03.04.2010 Werder Bremen II - 1. FC Heidenheim 1846 1:1
25. Spieltag 07.04.2010 Werder Bremen II - Eintracht Braunschweig 0:3
33. Spieltag 10.04.2010 Wuppertaler SV - Werder Bremen II 1:1
34. Spieltag 13.04.2010 Werder Bremen II - VfB Stuttgart II 0:3
26. Spieltag 20.04.2010 Werder Bremen II - Jahn Regensburg 4:1
36. Spieltag 24.04.2010 Werder Bremen II - SV Sandhausen 3:0
37. Spieltag 30.04.2010 Bayern München II - Werder Bremen II 2:1
38. Spieltag 08.05.2010 Werder Bremen II - Erzgebirge Aue 2:1