1. Spieltag 28.07.2018 FC Carl Zeiss Jena - SG Sonnenhof Großaspach 3:2
2. Spieltag 04.08.2018 Preußen Münster - FC Carl Zeiss Jena 1:2 Tor gelbe Karte
3. Spieltag 07.08.2018 FC Carl Zeiss Jena - Hallescher FC 0:3
4. Spieltag 10.08.2018 Karlsruher SC - FC Carl Zeiss Jena 1:1
5. Spieltag 27.08.2018 FC Carl Zeiss Jena - FSV Zwickau 2:1
6. Spieltag 02.09.2018 Fortuna Köln - FC Carl Zeiss Jena 2:0
7. Spieltag 14.09.2018 Eintracht Braunschweig - FC Carl Zeiss Jena 2:0
8. Spieltag 22.09.2018 FC Carl Zeiss Jena - 1. FC Kaiserslautern 3:3
9. Spieltag 25.09.2018 Sportfreunde Lotte - FC Carl Zeiss Jena 2:0
10. Spieltag 30.09.2018 FC Carl Zeiss Jena - VfL Osnabrück 0:0
11. Spieltag 06.10.2018 KFC Uerdingen 05 - FC Carl Zeiss Jena 2:1
12. Spieltag 19.10.2018 FC Carl Zeiss Jena - VfR Aalen 0:0
13. Spieltag 27.10.2018 Energie Cottbus - FC Carl Zeiss Jena 2:1
14. Spieltag 03.11.2018 FC Carl Zeiss Jena - Hansa Rostock 1:1
15. Spieltag 12.11.2018 SV Wehen Wiesbaden - FC Carl Zeiss Jena 2:3
16. Spieltag 24.11.2018 FC Carl Zeiss Jena - SpVgg Unterhaching 4:5
17. Spieltag 01.12.2018 Würzburger Kickers - FC Carl Zeiss Jena 5:2 gelbe Karte
19. Spieltag 16.12.2018 TSV 1860 München - FC Carl Zeiss Jena 1:3 Tor
20. Spieltag 23.12.2018 SG Sonnenhof Großaspach - FC Carl Zeiss Jena 0:0
21. Spieltag 26.01.2019 FC Carl Zeiss Jena - Preußen Münster 0:0
22. Spieltag 02.02.2019 Hallescher FC - FC Carl Zeiss Jena 0:0
23. Spieltag 09.02.2019 FC Carl Zeiss Jena - Karlsruher SC 1:1 Tor
24. Spieltag 17.02.2019 FSV Zwickau - FC Carl Zeiss Jena 2:0
31. Spieltag 31.03.2019 VfR Aalen - FC Carl Zeiss Jena 1:1
32. Spieltag 06.04.2019 FC Carl Zeiss Jena - Energie Cottbus 2:1 Tor
33. Spieltag 13.04.2019 Hansa Rostock - FC Carl Zeiss Jena 1:2 Tor
34. Spieltag 20.04.2019 FC Carl Zeiss Jena - SV Wehen Wiesbaden 3:1 gelbe Karte
35. Spieltag 28.04.2019 SpVgg Unterhaching - FC Carl Zeiss Jena 0:1
36. Spieltag 04.05.2019 FC Carl Zeiss Jena - Würzburger Kickers 3:4
37. Spieltag 11.05.2019 SV Meppen - FC Carl Zeiss Jena 0:1 Tor
38. Spieltag 18.05.2019 FC Carl Zeiss Jena - TSV 1860 München 4:0 TorTor gelbe Karte