| 1. Spieltag | 15.08.2021 | Hertha Zehlendorf [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 0:1 | ||||
| 9. Spieltag | 30.10.2021 | FC Viktoria 1889 Berlin [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 0:1 | ||||
| 10. Spieltag | 06.11.2021 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Erzgebirge Aue [B-Junioren] | 5:0 | ||||
| 14. Spieltag | 26.02.2022 | Hertha BSC [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 2:0 | ||||
| 15. Spieltag | 05.03.2022 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | VfL Wolfsburg [B-Junioren] | 1:1 | ||||
| 11. Spieltag | 08.03.2022 | RB Leipzig [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 1:2 | ||||
| 13. Spieltag | 26.03.2022 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Energie Cottbus [B-Junioren] | 2:0 |  |
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| 17. Spieltag | 02.04.2022 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Werder Bremen [B-Junioren] | 2:1 | |
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| 16. Spieltag | 05.04.2022 | Eintracht Braunschweig [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 0:2 | ||||
| 18. Spieltag | 09.04.2022 | Holstein Kiel [B-Junioren] | - | FC St. Pauli [B-Junioren] | 0:1 | ||||
| 19. Spieltag | 24.04.2022 | FC St. Pauli [B-Junioren] | - | Hamburger SV [B-Junioren] | 1:3 |
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