1. Spieltag 21.07.2012 Bayern München II - FC Augsburg II 1:1
3. Spieltag 28.07.2012 SpVgg Greuther Fürth II - FC Augsburg II 1:0
4. Spieltag 04.08.2012 Viktoria Aschaffenburg - FC Augsburg II 2:1 gelbe Karte
5. Spieltag 08.08.2012 TSV 1896 Rain - FC Augsburg II 3:1
6. Spieltag 11.08.2012 FC Augsburg II - SV Seligenporten 1:3
7. Spieltag 15.08.2012 Würzburger Kickers - FC Augsburg II 4:2
8. Spieltag 18.08.2012 FC Augsburg II - FV Illertissen 2:1
9. Spieltag 24.08.2012 FC Augsburg II - SpVgg Bayern Hof 1:1
10. Spieltag 31.08.2012 SV Heimstetten - FC Augsburg II 1:1
11. Spieltag 08.09.2012 FC Augsburg II - TSV 1860 München II 0:1
12. Spieltag 14.09.2012 SC Eltersdorf - FC Augsburg II 4:1
13. Spieltag 21.09.2012 FC Augsburg II - FC Memmingen 1:1
14. Spieltag 29.09.2012 FC Ingolstadt 04 II - FC Augsburg II 3:0
16. Spieltag 07.10.2012 1. FC Nürnberg II - FC Augsburg II 2:0
17. Spieltag 13.10.2012 FC Augsburg II - TSV Buchbach 1:2
15. Spieltag 17.10.2012 FC Augsburg II - TSV 1860 Rosenheim 5:0 Tor
18. Spieltag 20.10.2012 VfL Frohnlach - FC Augsburg II 2:2
19. Spieltag 27.10.2012 FC Augsburg II - Eintracht Bamberg 5:2
27. Spieltag 09.03.2013 FV Illertissen - FC Augsburg II 3:0
28. Spieltag 16.03.2013 SpVgg Bayern Hof - FC Augsburg II 3:2
29. Spieltag 23.03.2013 FC Augsburg II - SV Heimstetten 0:2
25. Spieltag 26.03.2013 SV Seligenporten - FC Augsburg II 0:3
30. Spieltag 30.03.2013 TSV 1860 München II - FC Augsburg II 0:0
24. Spieltag 02.04.2013 FC Augsburg II - TSV 1896 Rain 2:1
31. Spieltag 06.04.2013 FC Augsburg II - SC Eltersdorf 1:1 rote Karte
33. Spieltag 20.04.2013 FC Augsburg II - FC Ingolstadt 04 II 1:0
34. Spieltag 27.04.2013 TSV 1860 Rosenheim - FC Augsburg II 2:0
26. Spieltag 30.04.2013 FC Augsburg II - Würzburger Kickers 0:1 rote Karte
38. Spieltag 25.05.2013 Eintracht Bamberg - FC Augsburg II 2:3