1. Spieltag 02.08.2003 Bayern München II - Rot-Weiß Erfurt 2:0 Tor
2. Spieltag 08.08.2003 1. FC Schweinfurt 05 - Bayern München II 0:2 Tor
3. Spieltag 17.08.2003 Bayern München II - 1. FC Saarbrücken 1:1 Tor
4. Spieltag 22.08.2003 VfR Aalen - Bayern München II 1:6 TorTor
5. Spieltag 30.08.2003 1. SC Feucht - Bayern München II 1:2 Tor gelbe Karte
6. Spieltag 07.09.2003 Bayern München II - Sportfreunde Siegen 4:1 Tor
7. Spieltag 12.09.2003 Stuttgarter Kickers - Bayern München II 1:1 gelbe Karte
8. Spieltag 21.09.2003 Bayern München II - 1. FC Kaiserslautern II 3:0 TorTor
9. Spieltag 26.09.2003 Kickers Offenbach - Bayern München II 0:4 Tor gelbe Karte
11. Spieltag 11.10.2003 SV 07 Elversberg - Bayern München II 2:2
12. Spieltag 18.10.2003 Bayern München II - FC Augsburg 0:0
13. Spieltag 24.10.2003 TSG Hoffenheim - Bayern München II 2:2 Tor
14. Spieltag 02.11.2003 Bayern München II - SC Pfullendorf 5:1 TorTor gelbe Karte
16. Spieltag 15.11.2003 Bayern München II - 1. FSV Mainz 05 II 2:2 gelbe Karte
18. Spieltag 18.11.2003 Rot-Weiß Erfurt - Bayern München II 0:3 Tor
17. Spieltag 22.11.2003 SV Wehen-Taunusstein - Bayern München II 0:0
23. Spieltag 19.03.2004 Sportfreunde Siegen - Bayern München II 2:2
25. Spieltag 04.04.2004 1. FC Kaiserslautern II - Bayern München II 1:4 TorTorTor
29. Spieltag 01.05.2004 FC Augsburg - Bayern München II 1:0
30. Spieltag 09.05.2004 Bayern München II - TSG Hoffenheim 6:2 Tor
31. Spieltag 15.05.2004 SC Pfullendorf - Bayern München II 0:1 Tor
32. Spieltag 23.05.2004 Bayern München II - VfB Stuttgart II 1:0 Tor
33. Spieltag 29.05.2004 1. FSV Mainz 05 II - Bayern München II 0:3 Tor
34. Spieltag 05.06.2004 Bayern München II - SV Wehen-Taunusstein 1:0 gelbe Karte