| 20. Spieltag | 28.01.2024 | CD Alavés B | - | SD Gernika | 1:2 |  |
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| 21. Spieltag | 04.02.2024 | SD Gernika | - | Real Zaragoza B | 0:1 | |
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| 22. Spieltag | 10.02.2024 | UD Mutilvera | - | SD Gernika | 3:0 | ||||
| 23. Spieltag | 18.02.2024 | SD Gernika | - | AD San Juan | 1:0 | ||||
| 24. Spieltag | 24.02.2024 | Arenas de Getxo | - | SD Gernika | 0:0 | ||||
| 25. Spieltag | 02.03.2024 | SD Gernika | - | Barakaldo CF | 0:1 | |
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| 26. Spieltag | 10.03.2024 | CD Calahorra | - | SD Gernika | 0:1 | ||||
| 27. Spieltag | 17.03.2024 | SD Gernika | - | CD Tudelano | 1:4 | ||||
| 28. Spieltag | 24.03.2024 | Náxara CD | - | SD Gernika | 2:1 | |
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| 30. Spieltag | 06.04.2024 | SD Gernika | - | Utebo FC | 2:0 | |
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| 31. Spieltag | 14.04.2024 | CD Brea | - | SD Gernika | 0:2 | ||||
| 32. Spieltag | 21.04.2024 | SD Gernika | - | UD Logroñés | 0:2 | ||||
| 33. Spieltag | 28.04.2024 | Athletic Club B | - | SD Gernika | 3:1 | |
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| 34. Spieltag | 05.05.2024 | SD Gernika | - | UD Barbastro | 0:1 |
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